1902 року хіротонований на диякона, 1909 — на єпископа. Служив у Філіппольській митрополії. 1906 року внаслідок конфлікту між грецькими та болгарськими православними громадами грецькі священники були вигнані з митрополії. Фотій був призначений патріаршим екзархом у митрополії та був ним до 1914 року. Отримав звання протосинкела[3].
1915 року призначений вікарним єпископом Іринупольським[4].
Завдяки діям грецьких та турецьких політиків у час правління Фотія II турецько-грецький конфлікт послабився. 1930 року прем'єр-міністр ГреціїЕлефтеріос Венізелос відвідав Туреччину і зустрівся в тому числі з патріархом Фотієм[5].