Походив з Янини, був ієромонахом. У 1632 році обраний митрополитом Навпакта і Артіса і в тому ж році переведений на митрополію Іоанніни[1]. У 1639 році обраний митрополитом Адріанополя після дій свого духовного батька, до того часу митрополита Адріануполя, Парфенія, який потім був обраний Вселенським патріархом. Більшу частину часу жив у Константинополі, де був пов'язаний з послідовниками Кирила Лукарі, особливо з Теофілом Коридаллеасом. 8 вересня1644 року обраний Вселенським патріархом за підтримки філолукарій.
Був жадібним і жорстоким, дотримувався антипапської політики. Він скасував і скасував[прояснити] рішення Синоду в Яссах і так зване «православне віросповідання» митрополита Київського Петра Могили[2], що викликало ворожнечу правителя Молдови Василя Лупу, який, допитаний турками, вимагав кинути Патріарха до в'язниці[2]. У 1646 році Парфеній скасував усі патріарші екзархії та передав їх місцевим первосвященникам[3].
Його супротивникам вдалося скинути Парфенія з престолу в листопаді 1646 р. і заслати на Кіпр. По дорозі на заслання йому вдалося втекти і виїхати до Ясс, де він пробув два роки. 29 жовтня1648 року був переобраний Патріархом. Під час свого другого, трирічного патріаршества, дотримувався протилежної політики, обернувшись проти кальвіністів. У 1649 році він навіть письмово звернувся до імператора Фердинанда III з проханням про допомогу проти них.
Але, зрештою, у нього з'явилося багато ворогів в обох фракціях, тож Парфеній опинився самотнім і безсилим. Навесні 1651 року єзуїти за підтримки володарів Валахії та Молдови повідомили його султану Мухаммеду IV, що він укладає таємні домовленості з московитами. 16 травня був заарештований яничарами, які задушили його і кинули в Босфор[2]. Християни зібрали його останки і поховали в монастирі Камаріотісса в Халках[4].
