Через рік молодого вчителя, члена Української партії соціалістів-революціонерів (УПСР), заарештували — за словами Остапенка, «за політичними мотивами». У в'язниці він провів три роки. Після звільнення не міг влаштуватися на роботу.
Закордоном пробув недовго і того ж 1913 року повернувся на Україну та приступив до роботи на посаді завідувача статистичного бюро Балтського повітового земства на Поділлі. Наступного року Остапенко переїхав до Харкова, де очолив статистичне бюро гірничодобувної промисловостіСлобожанщини. Згодом повернувся до Києва та до 1917 року працював приват-доцентом Київського комерційного інституту.
У складі комісій
У січні 1918 року Остапенка як економічного радника включили до очолюваної Всеволодом Голубовичем господарчої комісії української мирної делегації на переговорах у Бересті. За ухвалою уряду від 14 березня1918 року Остапенко увійшов до комісії, очолюваної Миколою Поршем, із товарообміну з центральними державами, яку утворили при Раді Народних Міністрів УНР із досить широкими повноваженнями щодо перемовин і підписання угод.
Після перемоги антигетьманського повстання Остапенка як фахівця, відому особистість, прихильника соціалістичних цінностей запросили до державної праці. Від УПСР він увійшов до складу сформованого 26 грудня1918 року уряду Володимира Чехівського, де обійняв посаду міністра торгівлі та промисловості.
У лютому 1919 року, коли вищі державні органи перебралися до Вінниці, Остапенко перервав членство в УПСР, щоб не виходити зі складу уряду, на чому наполягав ЦК УПСР. Через відставку частини Ради Народних Міністрів УНР Остапенку довелося тимчасово виконувати обов'язки міністра агітації та пропаганди. У цій ролі він 6 лютого1919 року брав участь у переговорах із начальником штабу французької групи військ в Україні полковником Фрейденбергом на станції Бірзула поблизу Одеси. Українці вимагали від представників Антанти визнання їх самостійності та допущення на міжнародну мирну конференцію в Парижі, сприяння у проведенні в Україні соціальних реформ, забезпеченні народовладдя тощо. Переговори виявилися безрезультатними. Уряд Чехівського подав у відставку.
Формування нового уряду Директорія доручила Остапенку, який був великим прихильником порозуміння з країнами Антанти. Він очолював уряд від 13 лютого до 9 квітня1919 року.
18 липня1919 року з подачі ректора університету Івана Огієнка міністр народної освіти УНР Антін Крушельницький задовольнив прохання Остапенка та призначив його на роботу до університету. Сергій Степанович обійняв посаду приват-доцента кафедри статистики на правничому факультеті, який розпочинав роботу з жовтня 1919 року.
5 листопада1919 року рада професорів університету доручила Остапенку тимчасово, до повернення приват-доцента Антіна Синявського, викладати, крім статистики, ще й політичну економію. Внаслідок цього тижневе академічне навантаження Остапенка в осінньому семестрі 1919/20 навчального року становило 12 годин: політекономія та статистика — по 4 години лекційних та по 2 години семінарських занять.
25 лютого1920 року, виходячи з виробничої ситуації, рада правничого факультету обрала Сергія Степановича штатним приват-доцентом кафедри політичної економії та статистики. Рада професорів університету абсолютною більшістю голосів затвердила цю ухвалу та доручила Остапенку викладати обов'язковий навчальний курс.
Сергій Степанович серйозно поставився до дорученої йому справи, швидко розробив відповідні лекційні курси. Вже на початку березня 1920 року він подав до університетської літографії тексти лекцій з політичної економії, які належало розмножити для потреб студентів. У травні їх було видрукувано. Тоді ж губернська народна управа видала книгу Остапенка «Курс статистики та демографії» накладом 3500 примірників, а губернська народна каса державного кредиту профінасувала друк ще однієї праці Остапенка — «Важливіші властивості українського народу в порівнянні з іншими народами» накладом 1500 примірників.
Остапенко брав активну участь у діяльності Всеукраїнського товариства економістів, яке осіло в Кам'янці-Подільському. Так, 19 вересня 1919 року на загальних зборах членів товариства Сергій Степанович виступив із доповіддю «Основи політичної економії». За свідченням преси, виступ викликав жвавий інтерес присутніх як щодо економічної термінології, так і щодо класифікації елементів політекономії [1].
Стосунки колишнього голови уряду УНР з університетськими колегами були непростими, про що засвідчив спогад Василя Біднова[2]:
С. Остапенко завдяки своїй нервовості викликав інциденти. Зараз же він почав вимагати собі асистента й пристав до членів правління, щоб вони призначили кошти на асистентуру… Пригадую діалог: — Навіщо Вам ті асистенти? — запитали ми його. — Як навіщо? Озеров мав п'ять асистентів, а в мене — ні одного! … Гроші на асистентуру видано, й Остапенко вибрав собі І. Шимоновича, хоч той не мав ніяких доказів не тільки вищої освіти, а навіть і середньої. На пропозицію дати потрібні докази освіти Шимоновича приват-доцент Остапенко твердив, що документи втрачено під час блукання українського уряду поміж Рівним і Станіславом… Кінець-кінцем він таки добився затвердження Шимоновича асистентом [3].
Перед встановленням у середині листопада 1920 року радянської влади в Кам'янці-Подільському Остапенко не підтримав колег, які емігрували до Польщі. Як зазначає професор Олександр Завальнюк, «невідомо, що рухало ним, адже з погляду нового режиму в нього було „неблагонадійне“ минуле, хоч і походив із трудового селянства. Швидше за все, він не оцінив небезпеки, яка очікувала на його життя»[4].
До кінця 1920 року Остапенко виїхав із Кам'янця-Подільського до Києва.
У Радянській Україні
У травні 1921 року в Києві Верховний надзвичайний трибунал розпочав слухання у справі над діячами Української партії соціалістів-революціонерів. Професора Остапенка на цей процес запросили як свідка. Проте на пропозицію Дмитра Мануїльського трибунал посадив Сергія Степановича на лаву підсудних. Остапенко не визнав своєї вини, але отримав 5 років таборів.
Несподівано вирок змінили: замість каторжної праці професорові належало виконувати примусові роботи за фахом — було взято до уваги «цінність Остапенка як наукової сили» [5].
Як зазначає Григорій Костюк, професор Остапенко «після суду влаштувався працівником з економічних питань літературно-політичного журналу „Червоний шлях“ і професором Інституту народного господарства в Києві»[6]. Зокрема, у журналі «Червоний шлях» (1924, № 1—2) було опубліковано працю Остапенка «Капіталізм на Україні» [7].
Є версія, що 1931 року Остапенка заарештували, після чого він загинув у сталінських таборах[8]. Втім, сучасні дослідники вважають, що він загинув 1937 року[9].
Наукова спадщина Остапенка не вивчена. Серед його праць найвідомішими є такі:
«М'ясний експорт» (1912).
«Економія тваринництва і хлібне мито» (1914).
«Курс статистики і демографії» (Кам'янець-Подільський, 1920).
«Важливіші властивості українського народу в порівнянні з іншими народами» (Кам'янець-Подільський, 1920).
Ушанування пам'яті
2006 року Національний банк України в серії «Видатні особистості України» випустив двогривневу монету, присвячену 125-річчю від дня народження Сергія Степановича Остапенка.
На реверсі ювілейної монети зображено портрет Остапенка на тлі стилізованого орнаменту та розміщено написи: «СЕРГІЙ ОСТАПЕНКО» (ліворуч), «ЛЮТИЙ — КВІТЕНЬ 1919» і «ГОЛОВА РАДИ НАРОДНИХ МІНІСТРІВ УНР» (унизу півколом).
Автори ескізів — Володимир Дем'яненко (аверс), Володимир Таран, Олександр Харук, Сергій Харук (реверс).
↑Трудова громада (Кам'янець-Подільський). — 1919. — 24 вересня. — С. 2.
↑Біднов В. Перші два академічні роки Українського державного університету в Кам'янці-Подільському: Уривок із спогадів // Кур'єр Кривбасу (Кривий Ріг). — 1997. — № 69—70 (січень). — С. 72.
↑Як засвідчують «Дані про персональний склад професорсько-викладацької корпорації Кам'янець-Подільського державного українського університету (1918–1920 рр.) », укладені Олександром Завальнюком, Іоанікія Івановича Шимоновича було призначено асистентом при кафедрі статистики 13 жовтня 1919 року. Він також був секретарем правничого факультету.
↑Завальнюк О. М. Історія Кам'янець-Подільського державного українського університету в іменах (1918—1921 рр.). — Кам'янець-Подільський: Абетка-НОВА, 2006. — С. 271.
↑Касьянов Г. М., Даниленко В. М. Сталінізм і українська інтелігенція (20—30-і роки). — К. : Наукова думка, 1991. — С. 34, 36.
↑Костюк Григорій. Сталінізм в Україні. — К. : Смолоскип, 1995. — С. 232.
↑Жулинський Микола. Із забуття — в безсмертя. — К., 1990. — С. 351.
Остапенко Сергій Степанович // Уряди України в XX столітті. — К. : Наукова думка, 2001. — С. 163—166.
Завальнюк О. М. Історія Кам'янець-Подільського державного українського університету в іменах (1918—1921 рр.). — Кам'янець-Подільський: Абетка-НОВА, 2006. — С. 268—272.
Будзей Олег. На реверсі — доцент університету // Подолянин. — 2008. — 20 червня. — С. 7.
Сергій Остапенко // Горе переможеним. Репресовані міністри Української революції / Авт. та упоряд.: А. Когут (відп. упор.), Р. Подкур, В. Скальський, В. Василенко, Н. Григорчук, Н. Савченко; Ред. кол.: Г. Боряк, В. Верстюк, Н. Маковська, О. Бажан, А. Хромов, В. Огороднік; Галузевий державний архів Служби безпеки України; Інститут історії України Національної академії наук України; Український інститут національної пам'яті; Центральний державний архів вищих органів влади і управління України; Центр досліджень визвольного руху; Центральний державний архів громадських об'єднань України. ‒ K.: К. І. С., 2018. — С. 149—158.