Село Мусійки примикає до південних околиць міста Богодухів. За 1у км протікають річки Мерла і Крисинка. За 2 км розташована залізнична станція Семенів Яр. Через село проходить автомобільна дорога Р46. Селом тече Яр Козин.
12 червня 2020 року, відповідно до розпорядження Кабінету Міністрів України № 725-р «Про визначення адміністративних центрів та затвердження територій територіальних громад Харківської області», село увійшло до Богодухівської міської громади[1].