Село Мала Обухівка розташоване на правому березі річки Псел, вище за течією на відстані 0.5 км розташоване село Перевіз, нижче за течією на відстані 1.5 км розташоване село Велика Обухівка.
Річка у цьому місці звивиста, утворює лимани, стариці та заболочені озера.