Один сучасник описував Клузіуса як батька усіх красивих садів у Європі[16]. На момент народження Карла Клузіуса сади мало змінилися з VIII століття; Клузіус відіграв в їх зміні значну роль[18]. Ботаніка ставала самостійною дисципліною та більше не розглядалася як галузь медицини; рослини були цікавими не тільки через свої лікарські та кулінарні властивості, а Клузіус був одним з перших у Північній Європі, хто визнавав рослини самі по собі, оцінюючи їх красу й використання[16].
Карла Клузіуса було запрошено до Відня для створення ботанічного саду[16]; він був директором ботанічного саду у Відні (1573–1587)[14] при дворі імператора Максиміліана II[9][12][17]. Заступництво імператора дало йому можливість подорожувати по всій Європі, збираючи інформацію для своїх ботанічних досліджень, та впровадити ряд нових рослин знайдених за межами Європи[12].
Клузіус сприяв введенню культури картоплі у Європі, а також ввів у Нідерландах тюльпани[12][16]. Вважається також, що він ввів у західноєвропейське садівництво півонії та гіацинти[19]. У 1593 році Клузіус став почесним професором ботаніки у Лейдені[10][12]; цю посаду він займав до своєї смерті[12]. Одним з важливих досягнень Клузіуса стало створення Лейденського ботанічного саду, другої подібної установи на північ від Альп[12]. Він створив його у похилому віці, у 67 років[18]. У Лейденському ботанічному саду Карл Клузіус посадив декілька цибулин тюльпанів, які були надіслані йому з КонстантинополяБусбеком — послом Священної Римської імперії при дворі султана Сулеймана I. Незважаючи на те, що тюльпани були з Центральної Азії та на захід від Константинополя до цього не вирощувалися, вони адаптувалися до кліматичних умов північно-західної Європи. Навесні 1594 а перші тюльпани розцвіли на півночі Нідерландів[16]. Це стало початком голландської індустрії цибулинних рослин[14].
Карл Клузіус є автором інноваційних, всесвітньо відомих ботанічних публікацій[12]. Його вважають «батьком мікології», через те що у 1601 році він написав першу монографію про гриби[15]. Це був регіональний опис грибної флори Угорщини — «Fungorum in Pannoniis observatorum brevis historia», яке вийшло у загальному томі «Rariorum plantarum historia», яке отримало пізніше назву «Кодексу Клузіуса» («Codex Clusianus»)[15]. Клузіус описав 47 «родів» та 105 «видів» грибів, доповнивши опис досить точними акварельними ілюстраціями[15]. Більшість грибів з «Кодексу Клузіуса» можна досить точно ідентифікувати за ілюстраціями[20].
1561: Antidotarium sive de exacta componendorum miscendorumque medicamentorum ratione ll. III … nunc ex Ital. sermone Latini facti (Antwerpen. Ex officina Plantiniana).
1570: Galliae Narbonensis ora marittima (Antwerpen. Abraham Ortelius).
1571: Hispania nova descriptio (Antwerpen. Abraham Ortelius).
1582: Aliquot notae in Garciae Aromatum historiam (Antwerpen. Ex officina Plantiniana).
1583: Rariorum aliquot stirpium, per Pannoniam, Austriam, & vicinas quasdam provincias observatarum historia, IV libris expressa (Antwerpen. Ex officina Plantiniana).
1601: Rariorum plantarum historia / Fungorum in Pannoniis observatorum brevis historia. Exoticorum libri decem: quibus animalium, plantarum, aromatum, aliorumque peregrinorum fructuum historiæ discribuntur (Antwerpen. Ex officina Plantiniana apud Ioannem Moretum).
1605: Exoticorum libri decem: quibus animalium, plantarum, aromatum, aliorumque peregrin. fructuum historiae describuntur / item Pt. Bellonii Observationes, eodem C.C. interprete (Leiden: Ex officina Plantiniana).
1611: Curae posteriores, seu plurimarum non antè cognitarum, aut descriptarum stirpium, peregrinorumque aliquot animalium novae descriptiones: quibus & omnia ipsius opera, aliáque ab eo versa augentur, aut illustrantur: accessit seorsim Everardi Vorstii. .. de eiusdem Caroli Clusii Vita & obitu oratio, aliorumque Epicedia (Leiden & Antwerpen). Ex officina Plantiniana.
1619: Summi Galliae Belgicae corographica descriptio posthuma, ed. Joachim Morsius (Leiden: Jac. Marcus).
1630: Appendix cultori plantarum exoticarum necessaria. in Herbarium Horstianum (Marburg).
↑Duane Isley (1994) One Hundred and One Botanists.
↑Леонтьєв Д. В., Акулов О. Ю. Загальна мікологія: Підручник для вищих навчальних закладів. — Харків : «Основа». — С. 192—206. — ISBN 978-966-495-040-1.
↑Charles Plumier: Nova Plantarum Americanarum Genera. Leiden 1703, S. 20f.
Karl Mägdefrau: Geschichte der Botanik. Leben und Leistung großer Forscher. Stuttgart, Gustav Fischer Verlag, 2. Auflage, 1992, ISBN 3-437-20489-0.(нім.)
Heinrich Dörfelt, Heike Heklau: Geschichte der Mykologie. Schwäbisch-Gmünd, Einhorn Verlag 1998, ISBN 3-927654-44-2.(нім.)
Ilse Jahn: Geschichte der Biologie. Spektrum Akademischer Verlag, Heidelberg 2000, ISBN 3-8274-1023-1.(нім.)
Heinrich Wilhelm Reichardt: Clusius, Carolus. In: Allgemeine Deutsche Biographie (ADB). Band 4, Duncker & Humblot, Leipzig 1876, S. 349—351.(нім.)
Hunger, Friedrich Wilhelm Tobias. Charles de L’Escluse (Carolus Clusius) Nederlandsch kruidkundige, 1526—1609. 2 vols. The Hague: M. Nijhoff, 1927—1943.(нід.)
Smit, P. «Carolus Clusius and the beginning of botany in Leiden University». Janus. 60 (1973) 87—92.(англ.)
Ogilvie, Brian W. «The Science of Describing: Natural History in Renaissance Europe». Chicago: University of Chicago Press, 2006.(англ.)
Чикин Ю. А. Общая фитопатология (часть 1): Учебное пособие. — Томск : ТГУ, 2001. — 170 с.(рос.)
Леонтьєв Д. В., Акулов О. Ю. Загальна мікологія: Підручник для вищих навчальних закладів. — Харків : «Основа», 2007. — 192—206 с. — ISBN 978-966-495-040-1.