Församlingen har medeltida ursprung. Den 1 januari 1886 (enligt beslut den 17 april 1885) ändrades namnet officiellt från Husby församling till Husby-Ärlinghundra församling. Bruket av namnet Husby-Ärlinghundra hade dock förekommit redan innan ändringen.[5]
Den 1 januari 1991 överfördes ett område med 175 personer till församlingen från Odensala församling.[6]
1 januari 1998 utbröts Valsta församling samtidigt som Odensala församling införlivades.[7]
Pastorat
Medeltiden till 1972: Annexförsamling i pastoratet Odensala och Husby-Ärlinghundra.
1972 till 1998: Annexförsamling i pastoratet Odensala, Husby-Ärlinghundra, Skepptuna, Lunda och Vidbo.
1998 till 2002: Moderförsamling i pastoratet Husby-Ärlinghundra, Norrsunda, Skepptuna och Valsta.[8]
Från 2003: Församlingen ingår i Märsta pastorat.[9]
^Stift, kontrakt och pastorat i nummerordning med ingående församlingar 2020-01-01, SCB, läs online.[källa från Wikidata]
^ [ab] Medlemmar i Svenska kyrkan i förhållande till folkmängd den 31.12.2019 per församling, kommun och län samt riket, Svenska kyrkan, läs online.[källa från Wikidata]