Сезон 2009 стал для Динамо 18-м в Чемпионате России по футболу. Команда под руководством Андрея Кобелева не смогла закрепить успех прошлого сезона. Выступления в чемпионате снова стали средними, итоговое 8-е место стало закономерным.
Первый за 8 лет сезон в еврокубках закончился для «динамовцев» ничем. В квалификации Лиги чемпионов команда уступила шотландскому Селтику[1]. Вылет из квалификации Лиги чемпионов позволил принять участие в квалификации Лиги Европы. Однако и там «динамовцы» были остановлены, на этот раз болгарским ЦСКА из Софии. Таким образом еврокубковая компания для «Динамо» быстро закончилась.
В новом сезоне команда выступала на Арене Химки, из-за реконструкции стадиона Динамо[2].
И — игры, В — выигрыши, Н — ничьи, П — проигрыши, Мячи — забитые и пропущенные голы, ± — разница голов, О — очки Клуб Первого дивизиона Сибирь (Новосибирск) получил путёвку в Лигу Европы 2009/2010 как финалист Кубка России.