Сезон 1999 стал для Динамо 8-м в Чемпионате России по футболу. После прошлогоднего провала команда претерпела множество изменений. Во-первых, обновление состава. Команду покинуло несколько лидеров: Юрий Ковтун перешел в московский Спартак, капитан Андрей Кобелев перешел в Зенит. Во-вторых, летом, после крупного поражения 5:1 от владикавказской Алании, был уволен главный тренер Георгий Ярцев[1][2]. Ему на замену пришел Алексей Петрушин, тренировавший до этого вторую команду[3]. Однако новый тренер также не добился особых успехов, но смог занять в чемпионате 5-е место и квалифицироваться в еврокубки.