Сезон 2003 стал для Динамо 12-м в Чемпионате России по футболу. По истечении прошлого сезона, несмотря на неудачи в чемпионате и кубках, руководство решило оставить на посту главного тренера Виктора Прокопенко. В межсезонье был значительно обновлён состав команды. Курс был сделан на омоложение, в команде не было ни одного футболиста возрастом 30 лет и выше. Однако обновлённая команда не показала хороших результатов, она продолжила средне выступать в чемпионате и кубках. Итог — лишь 6-е место в таблице и третье подряд непопадание в еврокубки.