Указана в «Списке населённых мест по сведениям 1859 года» в составе 2-го стана Шенкурского уездаАрхангельской губернии под номером «2383» как «Водокужская(Водокужское,Водогушка)». Насчитывала 7 дворов, 25 жителей мужского пола и 28 женского[6].
В 1876 году в деревне была построена часовня в честь мученников Флора и Лавра, приписанная к Ледскому приходу[7].
В «Списке населенных мест Архангельской губернии к 1905 году» деревня Водокужское насчитывает 9 дворов, 41 мужчину и 32 женщины. В административном отношении деревня входила в состав Предтеченского сельского общества Предтеченской волости[8].
На 1 мая 1922 года в поселении 18 дворов, 38 мужчин и 55 женщин[9].
