"Riva C.F." di Riva del Garda (14ª e retrocessa dalla Serie A), dichiarata inattiva,
"Dop. Ferroviario Roma" (7ª classificata nel girone C della Serie B), dichiarata inattiva,
"U.S. Filago",
"A.C.F. Firenze",
"A.C. Atletico Giarre",
"A.S. Martina Franca",
"A.S. Lux Chieti";
hanno chiesto l'iscrizione al campionato di Serie C:
"A.S.I. Bari C.F.",
"A.C.F. Lucca",
"G.S. Roma C.F.".
Al posto delle società rinunciatarie la Divisione Calcio Femminile non ha ammesso alcuna squadra delle non aventi diritto, accogliendo solamente la "A.S. Cascine Vica" di Rivalta di Torino, che ha rinunciato al campionato di Serie A per iscriversi in Serie B.
Formula
Vi hanno partecipato 44 squadre divise in quattro gironi. La prima classificata di ognuno dei quattro gironi viene ammessa ai play-off per l'assegnazione di tre promozioni in Serie A. Le ultime due classificate di ciascun girone vengono retrocesse nei rispettivi campionati regionale di Serie C.
Tradate Abbiate, Attilia Nuoro e Foroni promosse in Serie A.
Pecetto, Cascine Vica, Belluno, Chiasiellis, Perugia, Caprera, Autoscuola Puccio e CUS Cosenza retrocesse nei rispettivi campionati regionali di Serie C.
Luca Barboni e Gabriele Cecchi, Annuario del CALCIO FEMMINILE 1999-2000, Fornacette (PI), Mariposa Editrice S.r.l., dicembre 1998, che ha pubblicato l'elenco delle squadre partecipanti, i risultati (solo fino alla Serie C) e le classifiche di tutti i campionati femminili 1998-1999 fino alla Serie D.