Suo padre, Giano, che, nel 1426 era stato fatto prigioniero dai mamelucchi nella battaglia di Choirokoitia, e condotto al Cairo[11], liberato nel 1427, dopo il pagamento di un riscatto di 200.000 ducati veneziani[12], non si era più ripreso da tale umiliazione, si ammalò gravemente e, dopo un anno morì a Nicosia nel 1432 e fu tumulato nella chiesa di San Domenico a Nicosia; Giovanni, circa sedicenne, gli succedette come Giovanni II, e venne incoronato re di Cipro il 24 agosto di quello stesso anno, nella Cattedrale di Santa Sofia di Nicosia[13].
Relazione con Marietta di Patrasso
Giovanni II ebbe un'amante, Marietta di Patrasso, di cui non si conoscono gli ascendenti e che nella Chronique de l'Île de Chypre viene descritta come una donna bella e saggia (Marietta da Patras dal Arcipelago, donna bellissima e savia)[14], che, prima del 1441, gli aveva dato un figlio, Giacomo[14]detto il Bastardo (1438 – 1473).
Primo matrimonio
Giovanni aveva sposato, in prime nozze, nel 1437, a Ripaglia, per procura (rappresentato dallo zio, Ugo) Amedea Paleologa (1418 – 1440), figlia del Marchese del Monferrato, GianGiacomo[15]; le nozze erano state celebrate in Savoia perché la madre di Amedea, secondo il Monumenta Aquensia, Volume 2 era Giovanna di Savoia, figlia di Amedeo VII di Savoia[16]. Amedea, che la Chroniques d'Amadi et de Strambaldi. T. 1, cita col nome di Medea, arrivò a Cipro, nel 1440, il matrimonio fu celebrato il 3 luglio e il 13 settembre morì[17], anche la Chroniques d'Amadi et de Strambaldi. T. 2, cita Amedea col nome di Medea, riportando che il 3 luglio fu anche incoronata regina di Cipro, confermando la morte al 13 settembre e la tumulazione nella chiesa di San Domenico accanto alla suocera[18].
Uno dei primi atti di Giovanni II fu di nominare suo zio, Ugo, cardinale, Arcivescovo di Nicosia, suo rappresentante al concilio di Basilea, come da documento n° XIV della Histoire de l'île de Chypre sous le règne des princes de la maison de Lusignan. 3, datato 8 luglio 1432[21].
Giovanni come suo padre, Giano, dovette riconoscere la sovranità del sultano, e versare un tributo periodico ai mamelucchi[22].
Nel 1441, Giovanni II tentò di riconquistare Famagosta, assediandola, ma l'impresa fu vana e dovette fare pace coi genovesi[23].
La seconda moglie, Elena, cercò di diffondere la religione ortodossa, sostituendo i sacerdoti latini con quelli greci[23].
Secondo la Chronique de l'Île de Chypre, la regina, Elena, venuta a conoscenza che il re Giovanni II aveva un'amante, la fece convocare e le fece tagliare il naso, per renderla meno attraente agli occhi del marito, ed inoltre desiderava che il figlio di Marietta fosse soppresso, ma Giovanni II lo impedì[14].
Il regno di Giovanni fu contraddistinto da un incremento dell'influenza greca, che era diminuita per la presenza francese a Cipro: le sollecitazioni della moglie Elena e l'arrivo di molti aristocratici bizantini, dopo la presa di Costantinopoli da parte degli ottomani, favorirono l'effetto opposto. La regina lottò strenuamente contro il figlio naturale del marito e contro la madre di questi, Marietta, ma il suo atteggiamento non impedì al sovrano di nominare Giacomo secondo erede, dopo la legittima Carlotta[24].In effetti il figlio Giacomo, essendo morto l'arcivescovo di Nicosia, all'età di quindici anni, lo sostituì con l'approvazione papale[25].
In quello stesso anno, 1456, la figlia Carlotta, erede al trono, era stata data in moglie a Giovanni di Coimbra, che ricevette il titolo di principe titolare d'Antiochia e affiancò il suocero nel governo del regno[25]; e, quando l'anno successivo, 1457, si ammalò e morì[26], la suocera, Elena, fu sospettata di averlo fatto avvelenare dal ciambellano di corte, in quanto cercava di contrastare la religione ortodossa[27].
Tra il 1457 ed il 1458, Giacomo, che era stato privato dell'arcivescovado di Nicosia ed era andato prima a Venezia e poi a Rodi, era tornato a Cipro per vendicarsi dei suoi nemici[28]; Giovanni II e la moglie si rinchiusero nel castello di Nicosia, dove Elena morì all'inizio del 1458[18].
Morte
Giovanni II morì il 28 luglio 1458[18], all'età di 40 anni: gli subentrerà sul trono la quattordicenne Carlotta che, dal 1459 al 1464, regnò insieme al marito Luigi di Savoia, cadetto di Ludovico e di Anna di Lusignano, figlia di Giano di Cipro.[29] Il re defunto fu tumulato nella chiesa di San Domenico, a Nicosia[30], luogo di sepoltura dei membri della famiglia reale.