Figlia di Giovanni Tommaso Carafa, conte di Maddaloni,[3] nel marzo 1491 sposò Giovanni Francesco II Pico della Mirandola, signore della Mirandola. Grazie alla cospicua dote portata dalla moglie, Gianfrancesco riuscì ad acquistare dallo zio Giovanni Pico buona parte del feudo della Mirandola, inclusi i diritti ereditari, suscitando il risentimento dei fratelli minori Federico e Ludovico.[4]
Mirandola venne assediata nel giugno 1502 dai fratelli Ludovico e Francesco II Pico, aiutati da Ercole I d'Este e Francesco Gonzaga, che con uno stratagemma riuscirono ad entrare nel castello dei Pico e ad imprigionare Gianfranesco II, il quale venne liberato solo dopo le suppliche della moglie a patto che uscisse dalla Mirandola, cosa che avvenne il 6 agosto quando si ritirò nel castello dei Pio a Novi di Modena e poi a Roma. Dopo l'assedio della Mirandola del 1510-1511 da parte di papa Giulio II, la signoria fu restituita a Gianfrancesco II per poco tempo (a giugno venne di nuovo esiliato dai Trivulzio). Nell'agosto 1514 si trovò finalmente un accordo con Francesca Trivulzio, cosicché Granfrancesco II e Giovanna Carafa poterono rientrare nel possesso della Mirandola.
Definita come "donna tirannicamente avara",[5] sempre nel 1524 venne accusata dai partigiani del nipote Galeotto II Pico di aver falsificato le monete d'oro (doppioni e ducati) coniate dalla zecca dei Pico per rancori nei confronti del marito, ma essa incolpò lo zecchiere ebreo Santo di Bochali (mero esecutore delle volontà della sovrana) che venne fatto decapitare nella piazza principale da Giovanfrancesco II per salvare la reputazione della moglie.[6]
Il 15 ottobre 1533 Giovanni Francesco II e il figlio ventiseienne Alberto furono assassinati per mano di Galeotto II Pico, che poi imprigionò Giovanna Carafa, i figli Paolo e Giantommaso, e di quest'ultimo la moglie Carlotta Orsini e i figli Girolamo e Virginio, dentro al torrione del castello dei Pico. Usurpati dal potere nonostante plurime conferme dell'investitura imperiale, non restò alla famiglia superstite che ritirasi nel feudo di Roddi presso il cui castello Giovanna visse fino alla morte.
Paolo Pico (* 1511 – † marzo 1567[13]), co-signore di Roddi dal 1538.[1] Sposò nel 1550 in prime nozze Caterina, figlia di Galeotto Ceva della Bosia di Garessio, signore di Bossolasco;[1] poi nel 1562 sposò in seconde nozze Costanza del Carretto, figlia di Ottaviano del Carretto, marchese di Millesimo e conte di Cengio, e di Nicoletta Della Rovere, figlia di Stefano Vigerio Della Rovere, patrizio di Savona.[1] Ebbe i seguenti figli:[1]
dalla 1ª moglie: Giovanna Pico (* 1552 – † 1578), il 18 maggio 1574 sposò, dopo una lunga contesa e dietro costrizione[14], Michele Antonio del Carretto di Lesegno, marchese di Cravanzana;[1]
dalla 2ª moglie: Eleonora Pico (* 1565 – † 1621), signora di Roddi dal 15 novembre 1588 e poi contessa di Roddi dal 12 dicembre 1588.[1] Sposò a Mantova nel 1584 in prime nozze Ascanio Andreasi, conte di Rivalta;[1] poi nel 1595 sposò in seconde nozze Enrico Biandrate di San Giorgio, conte di Foglizzo;[1]
illegittimo: Marzio Pico (* 1540 – † 1584), sposò Caterina Trona, figlia di Antonio Trona, signore di Torrone e Clarafond.[1] Ebbe i seguenti figli:
^L'apparente data incoerente è dovuta al diverso inizio dell'anno solare prima dell'introduzione del calendario gregoriano.
^La genealogia del Conte Gio. Francesco II Pico, corretta accresciuta ed illustrata dal sac. Felice Ceretti, in Atti e memorie della R. Deputazione di Storia Patria per le Provincie modenesi. Serie IV Vol.1, Vincenzi, 1892, pp.103-122.
^Atti e memorie, R. Deputazione di storia patria per le provincie modenesi, 1897, p.66
^Miscellanea di storia italiana, Bocca, 1890, pp.559-560.