La provincia prendeva il nome dal fiume Rubicone e il suo primo capoluogo fu Rimini. Il dipartimento inizialmente non comprendeva Forlì, nonostante il fatto che, dal 18 aprile 1797 la città fosse sede dell'amministrazione delle tre ex Legazioni di Bologna, Ferrara e Romagna.
Creato con decreto del 27 luglio 1797, il dipartimento comprendeva i seguenti territori:
La parte sud del precedente dipartimento del Savio, ovvero il Cesenate e il Riminese;
Il 5 settembre 1798, in seguito alla riorganizzazione territoriale della Repubblica Cisalpina, il dipartimento del Rubicone inglobò i territori del dipartimento del Lamone. Fu annessa:
Tutta la Romagna, dal torrente Sillaro a Forlì compresa, che fu eletta a nuovo capoluogo.[1]
Gli avvenimenti successivi furono:
1799: la Repubblica Cisalpina fu occupata dagli Austriaci. L'ordinamento amministrativo napoleonico venne soppresso (11 giugno). Ravenna è la principale sede amministrativa;
1800: vittoria di Marengo. Fu ricreata la Repubblica Cisalpina. Il dipartimento subì delle modifiche territoriali: non comprese più il Montefeltro, ritornato al papa nel 1801 dopo un periodo di occupazione austriaca;
fine novembre 1813- marzo 1814: Napoleone perse la campagna di Russia. L'Austria ne approfittò invadendo l'Italia: occupò la Romagna, abolendo le prefetture e sostituendole con delegati di governo (in realtà uomini dell'esercito). Gli austriaci insediarono un organismo di governo a Bologna per i tre dipartimenti (Reno, Basso Po e Rubicone); anche il francese Gioacchino Murat, re di Napoli, mosse guerra alla Francia in alleanza alla Sesta coalizione. La Romagna venne divisa in due zone d'occupazione, napoletana ed austriaca; il Murat nominò un proprio prefetto a capo del Rubicone. Tale assetto fu di breve durata: il 17 marzo Napoleone, sconfitto dalla Sesta Coalizione, abdicò e fu esiliato all'isola d'Elba; successivamente Murat si ritirò a Napoli. Gli austriaci assunsero il controllo di tutta la regione e abolirono le prefetture;
Durante i Cento giorni del ritorno napoleonico (20 marzo - 8 luglio 1815), il Murat mosse guerra all'Austria, occupò di nuovo la Romagna, nominando un nuovo prefetto al dipartimento del Rubicone. Rapidamente sconfitto, in Romagna ritornarono gli austriaci, che ripristinarono la situazione da essi creata nell'anno precedente;
1815: il 9 giugno, al Congresso di Vienna, le potenze europee (che avevano dichiarato "illegale" il ritorno di Napoleone) decisero la restituzione alla Santa Sede dei suoi possedimenti in Italia. Il 18 luglio tutta la Romagna fu riconsegnata allo Stato della Chiesa. Fu così ripristinato lo status quo ante.
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