La diocesi fu eretta nel 1009 da santo Stefano re d'Ungheria.
Il secondo vescovo, Mauro, venerato come santo, costruì la cattedrale. Papa Clemente III concesse ai vescovi di Pécs l'uso del pallio e il privilegio di essere preceduti dalla croce in ricompensa del contrasto all'eresiapatarina perseguito dal vescovo Kalán vissuto tra il XII e il XIII secolo. Questi privilegi suscitarono il ricorso degli arcivescovi di Esztergom, ma saranno riconfermati nel 1754 da papa Benedetto XIV.
La diocesi adottava il rito strigoniense. Nel 1491 fu stampato un Missale Quinqueecclesiense, derivato dal Missale Strigoniense del 1484.[1]
Nel 1367 il vescovo Wilhelm Koppenbach trasformò la scuola capitolare in università, che fiorì per un certo tempo, fino alla battaglia di Mohács del 1526, che precedette il passaggio del territorio della diocesi sotto il dominio ottomano, avvenuto nel 1543. La cattedrale fu allora trasformata in moschea e fu riconsacrata al culto cristiano solo nel 1687, dopo la riconquista.
Nei secoli dal XVI al XVIII insorsero alcuni problemi a causa del diritto dei re d'Ungheria di nominare i vescovi, che i papi confermavano dopo lungo tempo o non confermavano affatto.