Il cattolicesimo in Cambogia fa la sua apparizione nella seconda metà del XVI secolo, quando alcuni missionari domenicaniportoghesi raggiungono la regione ed iniziano ad annunciare il vangelo: tra questi si ricordano Gaspar da Cruz e Silvestro d'Azevedo. Quest'ultimo costruisce una chiesa e scrive un libro in lingua khmer sulla religione cristiana. Col XVII secolo numerosi cattolici in provenienza dal Giappone, dall'Indonesia e dal Siam accrescono il numero dei cristiani locali. Lo sviluppo del cattolicesimo cambogiano continua nel secolo successivo, ad opera soprattutto del prete francese Levavasseur, che scrive un libro di catechismo in khmer, redige un dizionario latino-cambogiano, fonda una congregazione religiosa femminile ed edifica diverse chiese; questo sviluppo però è frenato dalle continue guerre che la Cambogia sostiene contro Siam e Vietnam, che più volte invadono il Paese e deportano la popolazione locale, tra cui anche i cattolici.
Nel corso del XIX secolo il cattolicesimo in Cambogia è quasi completamente sradicato. Nel 1850 la Santa Sede erige il vicariato apostolico di Phnom Penh, comprensivo della parte meridionale del Vietnam, che prospera durante il periodo di protettorato francese sulla Cambogia; nel 1924 è eretto in prefettura apostolica. Nel 1957 è ordinato il primo sacerdote cambogiano. Nel 1968 Roma divide la prefettura apostolica di Phnom Penh in tre circoscrizioni ecclesiastiche, ossia: Phnom Penh, Battambang e Kompong Cham.
Nel 1970 in Cambogia si contavano 61.000 cattolici (per la maggior parte vietnamiti in fuga dalla guerra) e 64 presbiteri, di cui quattro cambogiani e gli altri stranieri (francesi e vietnamiti): tutti gli stranieri furono costretti a fuggire con l'inizio del regime di Pol Pot. Tra il 1975 ed il 1979, tutti i vescovi, i preti e le religiose cambogiane trovarono la morte, e la maggior parte delle chiese e cappelle cattoliche vennero distrutte. In questo periodo anche i cattolici di etnia degar (conosciuti in Occidente anche come "Montagnards") vennero perseguitati.
Nel 1983 la Santa Sede crea l'Ufficio per la promozione dell'apostolato tra i cambogiani (Bureau pour la Promotion de l'Apostolat parmi les Khmers), incaricato di seguire tutti i cambogiani, ovunque essi siano. Nell'aprile del 1990 il Comitato Centrale del Partito comunista autorizza l'apertura di una chiesa cristiana a Phnom Penh; in questo modo la comunità cattolica cambogiana ha potuto riprendere le sue attività, anche grazie al riconoscimento della libertà religiosa stabilito dalla nuova costituzione nel 1993. Nel 1994 sono state ristabilite le relazioni diplomatiche tra Cambogia e Santa Sede.
La Cambogia non ha una Conferenza episcopale propria, ma l'episcopato cambogiano è parte della Conferenza episcopale del Laos e della Cambogia (Conférence Episcopale du Laos et du Cambodge).
Elenco dei Presidenti della Conferenza episcopale: