Marie-Anne est née le au palais impérial de Hofburg à Vienne. En tant que fille de l'empereur des Romains, elle est née avec le titre d'archiduchesse d'Autriche (Ihre Königliche Hoheit Erzherzogin von Österreich).
Elle était la dixième enfant née de ses parents. Sa mère, Marie-Thérèse, est décédée après avoir donné naissance à sa sœur Amalie en 1807.
Il semble qu'elle ait été handicapée mentale, comme son frère aîné Ferdinand, et qu'elle a le visage déformé. Aussi pour lui donner un état, son père l'a nommée abbesse d'un chapitre de dames nobles.
↑(de) Eva Ottillinger, Kaiserliche Interieurs : die Wohnkultur des Wiener Hofes im 19. Jahrhundert und die Wiener Kunstgewerbereform, Wien/Köln/Weimar, Böhlau, (ISBN3-205-98680-6), p. 219
↑Magdalena Hawlik-Van de Water, Das kaiserliche Lustchloss Hetzendorf : die Modeschule der Stadt Wien, Böhlau, , 151 p. (ISBN3-205-98601-6), p. 61
Les générations sont numérotées dans l'ordre de la descendance depuis les premiers archiducs. Au sein de chaque génération, l'ordre est strictement chronologique et défini par la date de naissance.