Un début de carrière à Bordeaux dans l'opposition à Alain Juppé
Il est tête de liste MRG dissident aux élections régionales de 1986[1]. À la suite de sa candidature aux élections cantonales de mars 1994 dans le centre de Bordeaux, il devient chef de file de l'opposition socialiste bordelaise jusqu'en , où il choisit d'être candidat dans la ville voisine de Talence. Il a ainsi été conseiller municipal de Bordeaux entre et , tête de liste socialiste face à Alain Juppé en et . Il a également été conseiller communautaire à la Communauté urbaine de Bordeaux durant la même période, dénonçant souvent le pacte de gestion communautaire qui plaçait les socialistes bordelais en position difficile.
Gilles Savary s'implante dans la région de Bordeaux. En , il est élu pour la première fois conseiller général du canton de Talence. En parallèle, il est conseiller régional et vice-président du conseil régional d'Aquitaine de 1998 à 1999, poste qu'il a abandonné une fois élu député européen en juin 1999. Il est réélu en juin 2004. De 2002 à 2009, il est vice-président de la « commission transports et tourisme » du Parlement européen. Jusqu'en 2004, il a présidé l'intergroupe sur les questions aéronautiques et spatiales.
Le , il est désigné comme l'un des porte-parole de l'équipe de campagne de Ségolène Royal[2].
Lors des élections européennes de 2009, il n'est pas retenu pour figurer sur les listes socialistes et n'est donc plus député européen. Il ne possède plus de mandat politique national. Il est alors toujours conseiller général du canton de Talence, à la suite de sa réélection en 2008, et vice-président du Conseil général de la Gironde.
En , Jean-Louis Borloo, ministre des Transports et du Développement durable, le nomme médiateur dans un conflit du personnel de la DGAC (Direction générale aviation civile). En , lors du débat national sur l’avenir du modèle ferroviaire français (), il préside la commission « Le ferroviaire français au cœur de l’Europe »[3]
Le , il est désigné candidat aux législatives sur la neuvième circonscription de Gironde par un vote des militants socialistes dans le cadre d'une primaire interne.
À la suite des attentats du 13 novembre 2015, Gilles Savary et quelques autres députés du Parti socialiste présentent une proposition de loi intitulée Transports : sécurité publique, lutte contre le terrorisme et la fraude, réunissant le terrorisme et la fraude dans les transports en commun[5]. Elle passe de dix à cinq le nombre de contraventions conduisant au délit de « fraude d’habitude », la possibilité de verbaliser la vente à la sauvette, et la possibilité de fouiller les petits sacs, tels que les sacs bananes des voyageurs. Elle sanctionne également les mutuelles de fraudeur, et rend illégal le signalement sur les réseaux sociaux de la présence de contrôleurs[6],[7],[8][source insuffisante].
Rapprochement avec La République en marche (depuis 2017)
Opposé aux frondeurs au sein de la majorité, il se met en retrait de la campagne présidentielle lorsque Benoît Hamon remporte la primaire socialiste de 2017. Il annonce voter pour Emmanuel Macron en [9]. Il se voit cependant opposer une candidate de La République en marche, Sophie Mette, qui est élue députée de la 9e circonscription de la Gironde, Gilles Savary obtenant 46,46 % des suffrages exprimés au second tour[10].
En , quelques mois après son départ de l'Assemblée nationale, et après avoir envisagé de créer son propre cabinet de conseil dans le domaine des transports[11] il devient conseiller spécial de Euros / Agency, cabinet de conseil en affaires publiques et lobbying créé par son ancien collaborateur parlementaire[12].
À partir de 2017, aux côtés de Jean-Yves Le Drian, il s'investit pour la création d'un « pôle de gauche » au sein de la majorité d'Emmanuel Macron, ayant « la conviction qu'Emmanuel Macron constituera encore le principal recours contre les illibéraux de gauche et de droite en 2022, mais qu'il devra asseoir ses futurs gouvernements sur une coalition dont nous devons préparer l'élargissement de la base politique »[13][source insuffisante]. Il se met en retrait du Parti socialiste[14] mais en reste adhérent [15]. En 2020, il cofonde avec Le Drian et le secrétaire d'État ex-PS Olivier Dussopt le mouvement Territoires de progrès, qui se veut l'incarnation de cette « aile gauche » venue du Parti socialiste[16]. Opposé à une fusion avec La République en marche — devenue Renaissance —, il fait défection en [17]. Il fonde alors avec Yves Durand un Collectif des sociaux-démocrates réformateurs (CSDR) qui annonce adhérer à La Convention, le nouveau mouvement de Bernard Cazeneuve.