Le , le Pape Jean-Paul II le nomme évêque d'Osnabrück. Il est intronisé le : il est alors l'évêque diocésain le plus jeune d'Allemagne.
Au sein de la Conférence épiscopale allemande, Franz-Josef Bode est président de la « Commission pour la jeunesse » de 1996 à 2010. Cette fonction lui offre le privilège de célébrer l'un des trois cultes d'ouverture des Journées mondiales de la jeunesse 2005, devant 100 000 pèlerins, à Bonn. Depuis 2010, Franz-Josef Bode est président de la « Commission pastorale ».
Distinctions
1998 : Courage-Preis d'Osnabrück (Prix du Courage), pour son combat contre le chômage des jeunes ;
2009 : Médaille Justus-Möser, plus haute distinction de la ville d'Osnabrück ;