Après la crise du 9 thermidor, Courtois adhère à la politique de la Convention thermidorienne. Il est chargé, en remplacement de Louis-Joseph Charlier, de la levée des scellés et de l'examen des papiers saisis chez Robespierre et ses complices[4]. Il émet son rapport le 16 nivôse an III (5 janvier 1795)[5]. Il est également élu à la Commission des Vingt-et-Un chargée d'examiner la conduite de Barère, Billaud-Varenne et Collot d'Herbois, anciens membres du Comité de Salut public de l'an II[6].
Visé par la loi du 12 janvier 1816 contre les régicides et les soutiens aux Cent-Jours, il est contraint de s'exiler à Bruxelles où il meurt à la fin de l'année de son arrivée.
Il était également féru de bibliophilie. La vente de sa bibliothèque eut lieu à Paris le 3 janvier 1820.
Publications
«Papiers inédits trouvés chez Robespierre, Saint-Just etc.» (II., 1828).
Eugène Welvert, « Les papiers de Courtois ». p. 249-337 inLendemains révolutionnaires ; les régicides, Paris, Calmann-Lévy, 1907.
Augustin Kuscinski, Dictionnaire des Conventionnels, F. Rieder, Paris, 1917, 615 p.
Jean-Philippe Giboury, Dictionnaire des régicides, Paris, Perrin, 1989.
Edna Hindie Le May (dir.), Dictionnaire des législateurs, Paris, 2007, 2 vol, tome 1.
Gérard Walter, Maximilien de Robespierre, Paris, Gallimard, 1989 (1961).
Jean-Daniel Piquet, « Robespierre et la liberté des Noirs en l'an II dans les archives des comités et les papiers de la Commission Courtois », Annales historiques de la Révolution française, n° 323-janvier-mars 2001.
Jean-Daniel Piquet, « Jean-Baptiste Belley et Louis Dufay : souvenir et oubli en l’an III d’une lettre à Maximilien Robespierre », Tierce : Carnets de recherches interdisciplinaires en Histoire, Histoire de l'Art et Musicologie, 2021-5, https://tierce.edel.univ-poitiers.fr/tierce/index.php?id=606.
↑Archives parlementaires de 1787 à 1860, Première série, tome 62, séance du 13 avril 1793, p. 71.
↑Archives parlementaires de 1787 à 1860, Première série, tome 65, séance du 28 mai 1793, p. 538.
↑Alphonse Aulard, Recueil des Actes du Comité de Salut public tome 5, Comité de Salut public, 30 juillet 1793, p. 420-421.
↑Archives parlementaires de 1787 à 1860, Première série, tome 95, séance du 30 thermidor an II (17 août 1794) p. 231. Lire en ligne
↑Gazette nationale ou le Moniteur universel nos 150 à 162 (n°153 exclu) du 30 pluviôse au 12 ventôse an III (du 18 février au 2 mars 1795).
↑Gazette nationale ou le Moniteur universel n°99 du 9 nivôse an III (29 décembre 1794), Convention nationale, séance du 7 nivôse (27 décembre), p. 3-4.