Lors de la réorganisation structurelle de la marine impériale japonaise en 1886, l'empire japonais est divisé en cinq districts opérationnels. La zone de Hokkaidō-Ōshu est le cinquième avec pour quartier-général Muroran. Le site est cependant considéré comme de faible priorité pour les fonds et n'existe dans les faits que sur le papier sous le commandement du district naval de Yokosuka.
Le , le quartier-général du district no 5 est transféré de Muroran au port d'Ōminato, plus abrité, bien que les infrastructures et les installations restent minimes.
Après la guerre russo-japonaise de 1904-05, lorsque l'importance stratégique du contrôle du détroit de Tsugaru est reconnue, et avec l'acquisition par le Japon de la préfecture de Karafuto, d'importants investissements sont réalisés pour sécuriser les frontières nord du Japon. Ōminato est l'un des onze ports de troisième rang, ou yokobu(要港部?), du pays. En , le district devient indépendant de celui de Yokosuka. Bien que les bases de Muroran, Asahikawa et Wakkanai sont transférées à Ōminato, le port n'obtient pas le statut de quartier-général de district naval (鎮守府?) et reste un yokobu. Une station de télécommunication est établie en 1913.
Le , la chaudière no 3 du destroyer Inazuma explose dans le port d'Ōminato. L'incident met en lumière la nécessité de meilleures installations à Ōminato, et un site de réparations navales et un hôpital de la marine sont établis en 1923.
Le , les installations de réparations navales d'Ōminato sont presque totalement détruites par un incendie, mais sont reconstruites un an plus tard. La station aéronavale d'Ōminato est ouverte en . En , après l'incident de la 4e Flotte (durant lequel la flotte est prise dans un typhon qui coule plusieurs navires et en endommage d'autres), Ōminato reçoit les destroyers Hatsuyuki et Yūgiri pour des réparations d'urgence.
Le , Ōminato est finalement élevé au statut de district de garde. Le concept de districts de garde (警備府, Keibifu?)[1] est similaire à celui des Sea Frontier(en) de la marine américaine. Le nouveau district maintient une petite garnison de navires des forces de débarquement de la marine impériale japonaise(en), qui reçoit directement ses ordres du commandant du district, et accueille des détachements des nombreuses flottes assignées temporairement au district.
Ōminato est bombardé plusieurs fois durant les derniers jours de la guerre : les 14, 15 et , suivie d'une grande attaque du 8 au qui détruit plusieurs navires. Les forces américaines débarquent du USS Panamint(en) pour accepter la reddition de la base le .
(en) John Prados, Combined fleet decoded : the secret history of American intelligence and the Japanese Navy in World War II, New York, Random House, , 832 p. (ISBN978-0-679-43701-7)
(en) Hansgeorg Jentschura, Dieter Jung et Peter Mickel (trad. de l'allemand par Antony Preston & J.D. Brown), Warships of the Imperial Japanese Navy, 1869–1945 [« Japanischen Kriegsschiffe, 1869-1945 »], Annapolis, Maryland, United States Naval Institute, (ISBN978-0-870-21893-4, OCLC34017123)
