Dans sa jeunesse, il fit ses études musicales à Reval (aujourd'hui Tallinn en Estonie), à Irkoutsk (en Sibérie) et en Chine, au gré des déplacements familiaux. Il étudia également l'architecture et les mathématiques à la Technische Hochschule de Berlin en 1922, et à partir de 1924, la musicologie avec Schering, Blume et von Hornbostel à l'université. En composition, il fut l'élève de Friedrich Ernst Koch à la Musikhochschule. En 1938 et 1939, il enseigne la composition au conservatoire de Dresde, puis après-guerre, à la Musikhochschule de Berlin-Ouest (1948). Il dirigera cet établissement pendant dix-sept ans, de 1953 à 1970. Parmi la longue liste de ses élèves, citons Gottfried von Einem, Isang Yun, Claude Ballif, Klaus Huber, Aribert Reimann, Kalevi Aho, Herbert Kegel, George Crumb, Noam Sheriff.
Son langage est polytonal ou parfois dodécaphonique, notamment dans son ballet Lysistrata (1950) et son opéra Rosamunde Floris (1960).
Le style qui caractérise la musique de Blacher est la concision et la prédominance du rythme. Il est l'auteur d'une technique rythmique dénommée "les mètres variables" fondée sur des séries mathématiques préétablies consistant en changements systématiques de mesure. La première œuvre utilisant ce modèle est Ornamente pour piano (Sieben Stüden über variable Metren) (1950). Plus tard, d'autres compositeurs utiliseront ce modèle.
D'autres influences, comme le jazz, sont perceptibles dans Jazzkoloraturen, (1929) et 2 Poems for Jazz Quartet, (1957). Dans les années 1960, Blacher expérimente aussi les techniques électroniques : Elektronische Studie (1962), Multiple Raumperspektiven.
Boris Blacher fut marié à la pianiste Gerty Herzog qui créa plusieurs de ses œuvres.
