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La bactériologie médicale est une branche de la biologie médicale qui consiste en l'analyse de divers liquides biologiques (parfois de tissus) dans le but d'isoler et/ou de caractériser une ou des bactéries pouvant être responsables de la pathologie suspectée à l'aide de techniques directes ou indirectes. En fonction de la bactérie suspectée, un ou des prélèvements particuliers devront être réalisés dans le but d'isoler au mieux cette bactérie et ainsi de poser un diagnostic le plus fiable possible et, après la réalisation ou non d'un antibiogramme, de traiter au mieux la pathologie engendrée par des antibiotiques. Chaque résultat devra être contrôlé et si possible interprété par un biologiste médical. Préalables indispensablesLe pouvoir pathogène d'un germe est quelque chose de relatif dépendant bien sûr de la bactérie elle-même, mais aussi, du produit à partir duquel elle a été isolée, en quelle quantité et de l'état du porteur également (la personne chez laquelle on a isolé cette bactérie). S'il existe des germes spécifiquement pathogènes, on rencontre également beaucoup de germes saprophytes ou commensaux normalement non pathogènes mais qui peuvent le devenir dans certains cas ou dans certaines circonstances. Il faut distinguer les produits fermés des produits ouverts. Un germe isolé d'un produit fermé c'est-à-dire profond doit être considéré comme pathogène étant donné que le produit en question est normalement stérile. Mais il y a une grosse restriction : les souillures. Dans un produit ouvert hébergeant une flore commensale normale, des germes spécifiquement pathogènes ne posent pas de problème (p. ex. Salmonella Typhi, Shigella...) mais des germes opportunistes posent un problème beaucoup plus délicat: dans ce cas le nombre de germes est important. C'est pour cette raison que l'on utilise des méthodes quantitatives ou semi-quantitatives dans certains cas. Un sujet peut être porteur sain d'un germe pathogène c'est-à-dire qu'il ne développe aucune maladie à la suite de ce germe. Il peut, par contre, contaminer une partie de son entourage (famille, amis, collègues de travail...) Bactéries pathogènes pour l'hommeCoques Gram positifsCoques Gram négatifs ou NeisseriasBacille Gram Positif sporulé aérobie
Bacilles Gram positifs sporulés anaérobies ou Clostridium
Bacilles Gram Positifs non sporulés
Mycobactéries
Bacilles gram négatifs
Les vibrions
Les Spirochètes
Les mycoplasmaLes rickettsiaMicroorganismes autrefois classés parmi les rickettsiesLes chlamydiaChoix du milieuProduits ouvertsLes milieux liquides sont a priori à proscrire car ils faussent complètement la notion numérique (il faut essayer de respecter la proportion des germes). Dans certains cas cependant, on utilise un milieu liquide car un germe peut pousser dans un milieu liquide alors qu'il ne pousserait pas sur un milieu solide. On utilise aussi des milieux liquides comme milieu d'enrichissement lorsqu'on recherche un germe bien spécifique (par exemple Salmonella). Dans la plupart des cas, il faut faire un isolement : l'ensemencement sur boîte de Petri est la technique habituelle. Produits de cavités ferméesIl faut s'adresser également à un milieu liquide permettant un ensemencement beaucoup plus massif (si le produit contient peu de germes) ; d'autre part, on s'attend normalement à une culture mono-microbienne. Un très bel exemple est celui de l'hémoculture où on ensemence 10 à 20 cm3 de sang. UrinesPrélèvementL'aspect qualitatif joue un rôle très important surtout que maintenant on évite le prélèvement des urines par sondage. Pour les urines, il existe en effet 3 modes de prélèvement:
La règle de Kass est valable à condition de ne pas l'appliquer sans nuance :
Nature des germesGermes intestinauxEntérobactéries - entérocoques - streptocoque B = germes d'origine basse responsables d'infections ascendantes (cystite puis pyélite). Germes d'origine hématogèneex. : Staphylocoques responsables d'infection descendante. Germes opportunistesChez des opérés, des personnes porteuses d'une sonde à demeure… ex. : Pseudomonas et occasionnellement d'autres germes non fermentants. PyurieUne pyurie doit toujours nous forcer à admettre qu'il y a infection. Si, lors d'une pyurie, on ne retrouve pas de germe après l'examen bactériologique normal, il faut absolument faire une recherche de BK par la coloration de Ziehl même si le clinicien ne le demande pas : on peut ainsi détecter une tuberculose rénale. Schéma d'examen bactériologique des urines en routineExamen direct sur urine non centrifugéeCet examen donne une appréciation quantitative et permet de voir si le germe est Gram + ou Gram -. Attention : dans l'urine, les gram - se décolorent mal surtout s'il y a trop d'urines → Gram effectué à partir d'une anse et non d'une pipette. Mise en cultureIl s'agit d'un schéma choisi parmi d'autres.
Le BCP est un des seuls milieux ne contenant pas de NaCl. D'où on bénéficie d'une inhibition relative du Proteus pour ne pas avoir un envahissement de la gélose par ce germe. Le bromocrésol permet de faire la distinction entre germes lactose + ou lactose - (cela oriente déjà un petit peu pour les entérobactéries. L'ensemencement se fait de manière quantitative par le procédé Dip-slide intéressant pour le médecin généraliste : il s'agit d'un flacon contenant une lame porte-objet dont les 2 faces sont recouvertes de milieux de culture gélosés différents : l'un est sélectif, l'autre pas. Ce procédé évite le transport de l'échantillon et préserve la notion quantitative.
Le MC est un milieu sélectif laissant pousser uniquement les Gram - : colonies rouges = lactose + ; colonies incolores = lactose - ; à partir de chaque type de colonies, on réalisera une galerie d'identification. Antibiogramme directL'urine est un des rares produits se prêtant bien à un antibiogramme direct. De plus, l'antibiogramme constitue un milieu supplémentaire et il peut apporter quelques renseignements pour l'identification. (p. ex. un germe lactose - résistant aux tétracyclines, à la colimycine et à la furadantine est un proteus ; un germe lactose +, muqueux, résistant à l'ampicilline est une Klebsiella. Pour l'ensemencement, il faut se baser sur l'examen direct :
ExpectorationsExamen bactériologique le plus décevant et le plus difficile
Principaux groupes d'antibiotiques
Tableau récapitulatifVoici une liste de bactéries impliquées dans la plupart des maladies infectieuses bactériennes chez l'homme. Bactéries aérobies
Bactéries anaérobies
Autres bactéries
Attention aux confusions :
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