Il joue beaucoup moins depuis la fin des années 1980, s'investissant plus dans l'organisation d'événements échiquéens. Il a notamment été candidat à la présidence de la Fédération internationale des échecs en 1994 et 1996.
Après avoir repris une activité de joueur entre 2004 et 2008, il est devenu inactif de 2008 à 2015, mais rejoue épisodiquement depuis 2015. Au 1er avril 2016, son classement est 2 450 Elo.
Le 10 décembre 2016, Bachar Kouatly devient président de la Fédération française des échecs, la liste « Ambitions FFE » qu'il conduisait obtenant 62,29 % des voix lors du renouvellement du Comité directeur[3].
Resté, depuis son élection, en conflit d’intérêts, il est soupçonné d'avoir, en 2018, capté une ou plusieurs subventions publiques destinées à la FFE, au profit d'une structure commerciale lui appartenant, notamment auprès de la ville d'Agen. Cette structure commerciale est, par ailleurs, éditrice de la revue Europe Échecs[5],[6],[7]. Le numéro de mai 2019 de la revue fait état d'un changement de gouvernance. Le Président et Directeur de la publication en est maintenant Sami Kouatly, fils de Bachar[8].
Une assemblée générale de la FFÉ se déroule le 5 décembre 2020. Elle s'oppose à la motion de prorogation du mandat du comité directeur jusqu'à l'assemblée générale du 3 avril 2021. Bachar Kouatly démissionne de son poste de président le 9 décembre. Yves Marek, vice président depuis le 28 novembre 2020, est investi à titre intérimaire à la présidence de la FFÉ jusqu'à l'assemblée générale d'avril 2021[9],[10],[11].
Kouatly se représente à l'élection pour la présidence de la FFÉ le mais il est battu par Éloi Relange qui obtient 632 voix contre 561 pour Kouatly[12].
Jean-Michel Péchiné, « Bachar Kouatly — L'excellence à la française », Europe Échecs, Paris, Promotion Jeux de L'Esprit, no 673, , p. 32-35 (ISSN0014-2794).