Trefacio liegt in der kastilischen Hochebene in einer Höhe von etwa 970 m. Die Provinzhauptstadt Zamora ist etwa 110 Kilometer (Fahrtstrecke) in südöstlicher Richtung entfernt. Zahlreiche Berge befinden sich in der Gemeinde. Das Klima im Winter ist durchaus kalt, im Sommer dagegen warm bis heiß, Regen (1114 mm/Jahr) fällt verteilt übers ganze Jahr.[2]