Der Verlauf der Aare besteht im Wesentlichen aus drei Teilen:
Zunächst ist sie ein Alpenfluss, der in zwei Fjordseen ausläuft. Der ursprünglich zusammenhängende See wurde durch Sedimente des seitlichen Zuflusses Lütschine geteilt. Der Einzugsbereich dieses alpinen Abschnitts der Aare entspricht grossenteils dem Berner Oberland.
Dann fliesst sie nordwestwärts vom Alpenrand zum Fuss des Juragebirges.
Dort folgt sie wie schon ihr von Westen einmündender Nebenfluss, die überwiegend aus dem Neuenburgersee bestehende Zihl, dem Jurasüdfuss. Östlich von Brugg wendet sie sich nach Norden und fliesst durch eine weite Juraklus dem Rhein zu.
Den Weg aus den Alpen ins Schweizer Mittelland nehmen in ähnlicher Weise ihr linker Zufluss Saane und dann die beiden grossen rechten Zuflüsse Reuss (Fluss) und Limmat, die nahe beieinander am Jurafuss die Aare erreichen, 15 bzw. 14 km vor deren Mündung in den Rhein. Das Einzugsgebiet der Aare oberhalb der Reussmündung ist mit 11.709 km² etwa so groß wie das des Bodensees (11.487 km², Ausfluss 78,4 km oberhalb der Aaremündung). Unterhalb der Mündung der Limmat ist der mittlere Abfluss der Aare größer als derjenige des Rheins vor der Aaremündung.
Von den im Mittelland entstehenden Aare-Nebenflüssen sammeln sich die südwestlichen in der Zihl. Die übrigen fliessen annähernd parallel zueinander und münden zwischen dem Bielersee und der Reuss in die Aare.
Die bedeutenden Zuflüsse aus dem Jura sind von den Besonderheiten dieses Kalkgebirges geprägt: Die Orbe fliesst zwischen ihrem Oberlauf in einem beidseits vom Einzugsgebiet der Rhone begrenzten Tal und dem Unterlauf durch eine Doline. Die Areuse erhält durch zwei seitliche Karstquellen Wasser aus Hochtälern ohne oberirdischen Abfluss. Die Schüss entspringt in einem Karstgebiet, das nördlich des Passübergangs der Vue des Alpes liegt, und durchquert auf ihrem Lauf verschiedene Juraklusen. Die Dünnern schneidet etwa in der Mitte ihres Laufs eine Klus in das Juragestein und erreicht bei Oensingen das Mittelland.
Flusssystemtafel
Die Aare, ihre wichtigsten Nebenflüsse und deren wichtigste Nebenflüsse Reihenfolge flussaufwärts, Seen und Gletscher als Flussabschnitte
Darstellungsweise:
Ein Gewässer mündet in denjenigen der darüber aufgelisteten Flussläufe, dessen Name über der Angabe der Einmündungsseite („rechts“/„links“) des mündenden Gewässers beginnt.
Die Lage jeder Mündung ist in km von der nächst höherrangigen angegeben, I(BS) ist hier der Nullpunkt der Schweizer Rheinstationierung in Basel, II die Mündung der Aare in den Rhein, u. s. w.
IIIS, IVS usw. sind Abstände von der Mündung in einen See. Die Strecke von dieser Mündung bis zur Seeachse des den See durchfließenden Hauptgewässers steht im Eintrag zur Mündung nach dem + .
Q–II u. dgl. = Fliessweg von der Quelle bis zur Mündung eines höherrangigen Flusses. Q = Abstand der Mündung eines Zuflusses von der Quelle des Vorfluters.
Aus den „Länge bis zur Quelle“-Angaben in https://map.geo.admin.ch/ ergeben sich hydrologische Flussläufe, die sich auf mehrere GEWISS-Nummern verteilen können.
Wo ein Flussname wegen zwischendurch durchflossener Seen mehrmals erscheint, bezieht sich die Längenangabe in der ersten Zeile (oder die in der ersten Zeile hinter dem Schrägstrich) auf den gesamten Flusslauf, (diejenige vor dem Schrägstrich und) die in nachfolgenden Zeilen auf Teilstrecken.
Bei Gletschern eingetragene GEWISS-Nummern beziehen sich strenggenommen auf den (angenommenen) Bach unter dem Eis. Der ist im Allgemeinen kürzer als die Länge des Gletschers an der Oberfläche.
Längenangaben zu Seen beziehen sich auf den Talweg des durchlaufenden Gewässers bzw. vom ranghöchsten Zufluss zum ranghöchsten Ausfluss.
Pfeile sind flussabwärts gerichtet und markieren obere Teile eines schon vorher erwähnten Flusslaufs.
Sind an einem Zusammenfluss amtlich beide ankommenden Gewässer gleichermassen als Quellflüsse des Gewässers unterhalb klassifiziert, so sind ihre Mündungen mit „↑ li.“ und „↑ re.“ gekennzeichnet.
