Ebetsu liegt nur wenige Kilometer nordöstlich von Sapporo und kann als Vorort der Metropole angesehen werden. Ebetsu liegt zudem am südlichen Ufer des Ishikari, dem größten Fluss der Insel und drittgrößtem Fluss Japans, unmittelbar an der Biegung des aus dem Norden kommend Flusses, der unweit nordwestlich von Ebetsu in das Japanische Meer mündet. Somit liegt Ebetsu auch recht zentral in der großen Ishikari-Ebene.
