Awalnya stasiun ini hanya memiliki dua jalur kereta api dengan jalur 1 merupakan sepur lurus. Setelah jalur ganda pada segmen stasiun ini hingga Stasiun Pemalang resmi dioperasikan mulai 9 September 2009[4] dan kemudian petak hingga Stasiun Tegal mulai 27 Maret 2013,[5] jumlah jalurnya bertambah menjadi tiga. Jalur 1 dijadikan sebagai sepur lurus untuk arah Cirebon saja, jalur 2 dijadikan sebagai sepur lurus hanya untuk arah Semarang, dan jalur 3 ditambahkan di sisi selatan stasiun sebagai sepur belok baru.
Di sebelah selatan stasiun ini terdapat depot BBM baru sebagai terminus dari perjalanan KA ketel/BBMPertamina koridor Maos-Tegal untuk menggantikan depot BBM Slerok yang ada di Kota Tegal. Sejak dioperasikannya depot BBM yang baru tersebut, di sisi selatan stasiun ini ditambahkan jalur 4 dengan percabangan di ujung baratnya untuk jalur bongkar muat KA angkutan BBM ke arah depo tersebut. Emplasemen stasiun ini diperpanjang ke arah barat untuk mendukung proses langsiran rangkaian KA angkutan BBM. Sistem persinyalan elektrik yang lama (tipe GRS/AlstomVital Processor Interlocking) kini juga sudah digantikan dengan yang terbaru produksi PT Len Industri.[6]