Kecamatan Siantar Timur dibentuk pada tahun 1981. Pembentukannya melalui Peraturan Pemerintah Nomor 35 Tahun 1981 dengan status sebagai salah satu dari empat kecamatan dalam wilayah Kota Daerah Tingkat II Pematangsiantar. Tiga kecamatan lainnya yakni Kecamatan Siantar Barat, Kecamatan Siantar Selatan dan Kecamatan Siantar Utara. Berdasarkan peraturan ini, wilayah Kota Daerah Tingkat II Pematangsiantar ditetapkan seluas 12,48 km2. Empat kecamatan yang dibentuk kemudian terbagi lagi menjadi 29 desa/kelurahan. Kota Pematangsiantar dengan empat kecamatannya diresmikan pada tanggal 17 Maret 1982 oleh Gubernur Sumatera Utara .[1]
Pada tahun 1986, Kota Pematangsiantar mengalami perluasan wilayah. Empa kecamatan awal termasuk Kecamatan Siantar Timur tetap menjadi bagian dari Kota Pematangsiantar. Perluasan wilayah dilakukan dengan menambahkan dua kecamatan yang dibentuk dan diperoleh dari wilayah Kabupaten Simalungun. Perluasan ini ditetapkan melalui Peraturan Pemerintah Nomor 15 tahun 1986 yang diterbitkan tanggal 10 Maret 1986. Penambahan wilayah berasal dari sembilan desa/kelurahan di Kabupaten Simalungun yang membentuk dua kecamatan baru. Sehingga Kota Pematangsiantar terdiri dari enam kelurahan dengan 38 desa/kelurahan. Luas wilayah Kota Pematangsiantar berubah menjadi 70,23 km2.[1]
Pada tahun 2010, jumlah penduduk di Kecamatan Siantar Timur sebanyak 38.454 jiwa. Lalu pada tahun 2015 jumlahnya meningkat menjadi 40.202 jiwa. Pada tahun 2020, jumlah penduduk di Kecamatan Siantar Timur mengalami penurunan menjadi 37.744 jiwa. Jumlah penduduk di Kecamatan Siantar Timur rata-rata berkurang sebesar 1,67% pada periode 2015–2020.[3]