Untuk memenuhi kebutuhan tersebut, didirikanlah pendidikan untuk tenaga asisten apoteker yang dikenal dengan nama Sekolah Asisten Apoteker. Pada tahun 1946, didirikanlah Sekolah Asisten Apoteker pertama yang dikelola oleh tenaga bangsa Indonesia di Yogyakarta.
Seiring dengan perkembangan bidang kesehatan, khususnya farmasi, sekolah ini berkembang baik dari segi kuantitas maupun kualitas. Pada tahun 1960, pedoman penyelenggaraan pendidikan untuk tenaga Asisten Apoteker mulai dibakukan dengan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 62983/Pend tertanggal 28 Juli 1960, yang kemudian diperbarui dengan Surat Keputusan Menteri Kesehatan Nomor 106/Pen pada 1 Juni 1961.
Perkembangan masyarakat dan meningkatnya kompleksitas pelayanan kesehatan memerlukan tenaga kesehatan yang etis dan profesional. Kebijakan pembangunan kesehatan Indonesia pun menekankan bahwa hanya tenaga kesehatan dengan latar belakang pendidikan umum setingkat sekolah menengah atas yang dapat melanjutkan pendidikan di bidang kesehatan. Rencana Pengembangan Tenaga Kesehatan Menuju Indonesia Sehat 2010 menegaskan bahwa tenaga kesehatan profesional harus memiliki kualifikasi sebagai tenaga ahli madya atau sarjana.
Untuk memenuhi kebutuhan tenaga kesehatan profesional, salah satu strategi yang diterapkan adalah konversi institusi pendidikan tenaga kesehatan dari jenjang pendidikan menengah ke jenjang pendidikan tinggi. Berdasarkan Surat Keputusan Kepala Pusat Pendidikan Tenaga Kesehatan Nomor HK.00.06.4.2054 Tahun 1993 tentang Pedoman Konversi Institusi Pendidikan Tenaga Kesehatan Jenjang Menengah menjadi Jenjang Pendidikan Tinggi, empat sekolah yang dikelola oleh Departemen Kesehatan dikonversi menjadi institusi Diploma III. Beberapa sekolah yang dikelola oleh pihak swasta juga mengikuti kebijakan konversi ini. Selain itu, institusi Diploma III juga didirikan untuk melengkapi kebutuhan tenaga kesehatan tingkat menengah.
Sejak tahun 2020, SMF Indonesia Yogyakarta juga membuka program studi baru di bidang Kimia Industri, selain program studi Farmasi yang telah meluluskan lebih dari 54 angkatan.
Artikel bertopik sekolah ini adalah sebuah rintisan. Anda dapat membantu Wikipedia dengan mengembangkannya.