Berdasarkan Sensus Penduduk Indonesia 2010, mayoritas penduduk Sei Kepayang menganut agama Islam.[4] Adapun persentasi penduduk kecamatan ini menurut agama yang dianut yakni Islam sebanyak 78,35%, kemudian Kristen sebanyak 21,62% yang mana Protestan sebanyak 16,80% dan Katolik sebanyak 4,82%. Sebagian menganut agama Buddha sebanyak 0,03%.[1] Sementara untuk sarana rumah ibadah di kecamatan ini pada tahun 2021, terdapat 8 masjid, 36 musala, dan 19 gereja Protestan.[2]