Saat Japanese National Railways dibagi pada tahun 1987, Kyushu Railway Company mewarisi seluruh aset dan operasionalnya yang ada di Pulau Kyushu bersama dengan kerugian sebesar 28,8 miliar yen,diperburuk dengan pertumbuhan jaringan jalan raya di Kyushu dan rendahnya penggunaan jalur pedesaan. Setelah privatisasi, JR Kyushu merambah sektor bisnis lain seperti perikanan, pertanian jamur, dan penjualan mobil. Dua cabang usaha sampingan yang paling sukses adalah Beetle ferry, yang mulai beroperasi pada tahun 1991, dan jaringan toko roti Trandor, yang dibuka tahun 1992. JR Kyushu juga membuka layanan kereta api premiumnya melalui pengembangan jalur kereta api cepatKyushu Shinkansen dan kereta api wisata mewah Nanatsuboshi in Kyūshū .[6]
Perusahaan memperkenalkan penggunaan SUGOCA, sebuah sistem tiket mengunakan kartu pintar, mulai 1 Maret 2009.
JR Kyushu memulai penawaran umum perdana pada bulan Oktober 2016.[3] Operasional non kereta api memberi sumbangan sekitar 60% dari pendapatan perusahaan dan sebagian besar keuntungan.[6]
Jalur Fukuhoku Yutaka: sebutan bagi rute yang dibentuk oleh bagian dari Jalur Utama Kagoshima, Jalur Utama Chikuhō, dan sebagian besar dari Jalur Sasaguri.
^ abcdefg"Fact Sheets 2017"(PDF). Diarsipkan dari versi asli(PDF) tanggal 2018-07-09. Diakses tanggal 2018-07-09.Parameter |url-status= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)