Di musim ini diwarnai Peristiwa Godong yang terjadi di Kabupaten Grobogan. Ketika melawan Persipur Purwodadi fans - fans PSIS dinilai meresahkan warga masyarakat kecamatan godong dengan melakukan penjarahan. Seusai pertandingan, fans - fans PSIS Semarang dicegat oleh warga setempat sehingga tidak dapat kembali ke Semarang selama belasan jam. Baru setelah pihak yang berwajib turun tangan para fans yang tertahan bisa dievakuasi.[1]
Peristiwa lain yang cukup menyita perhatian publik di musim ini adalah dipecatnya imral usman, Nurul Huda, Iswandi Dai, Eddy Gunawan, dan Morris Power di akhir musim dari tim setelah terjadi mangkir karena keterlambatan pembayaran gaji.[2]