Kapel gotik pertama kali disebutkan di tempat ini dalam apa yang disebut wasiat Königsberger dari tahun 1503. Itu adalah satu-satunya tempat ibadah Katolik Roma selama abad ke-16, ketika Banská Bystrica berada di tangan Protestan.
Pada tahun 1647 beberapa Yesuit menetap di sini dan memulai reformasi Katolik di kota dan lingkungannya. Selama tahun 1695–1701 mereka membangun perguruan tinggi mereka sendiri di situs Königberger. Mereka memulai pembangunan gereja tersebut pada tahun 1702 sebagai salinan dari Gereja Gesu di Roma.
Pembangunannya terhenti pada tahun 1703 ketika kota itu diduduki oleh pasukan anti-Habsburg Francis II Rákóczi. Bangunan ini dilanjutkan kembali pada tahun 1709 dan pada tanggal 24 September 1715 gereja St. Fransiskus Xaverius ditahbiskan. Saat itu, gereja tersebut merupakan bangunan barok dengan satu bagian tengah dan enam kapel. Fasadnya tidak memiliki menara. Pada tahun 1773 para Jesuit harus meninggalkan gereja ketika pada bulan Juli 1773 Ordo tersebut dibubarkan oleh Paus Klemens XIV. Katedral ini telah menjadi pusat Keuskupan Banská Bystrica sejak tahun 1776.
Dua menara berbentuk bawang ditambahkan pada tahun 1844 selama pembangunan kembali secara besar-besaran.[1] Bagian tengah gereja dan galeri samping diperpanjang dan konsistori ditambahkan ke dalam gereja.
Modifikasi lain dilakukan pada tahun 1880. Menara ditata ulang dan langkan romantis ditambahkan. Pada tahun 1970-an interiornya direnovasi dan, bersama dengan fasadnya, dicat. Bagian luarnya direnovasi pada tahun 1999. Pada tahun 2003 dipasang organ pipa baru.