Nama Karimunjawa disinyalir pertama kali (menurut cerita) muncul dari sejarah saat putra Sunan Muria yang sekaligus murid Sunan Kudus yang dikenal 'nakal' yaitu Syekh Amir Hasan dibuang ke kepulauan tersebut. Pulau Karimunjawa bila dilihat dari kejauhan seperti 'kerimun-kerimun'. Karena itu, pulau tersebut dinamai Karimun asal kata kerimun-kerimun.
Administratif
Pemerintahan Desa Karimunjawa terpusat di Pulau Karimunjawa dengan luas wilayah daratan 4.623,5 ha, yang meliputi beberapa pulau, yaitu:
