Maskapai ini didirikan pada 20 Juli 1989 dengan nama Zagal– Zagreb Airlines, dan memulai operasi menggunakan sebuah pesawat Cessna 402 untuk melaksanakan pelayanan kargo untuk UPS. Setelah pemilihan umum demokratis pertama diadakan di Kroasia, Zagal mengubah namanya menjadi Croatia Airlines[2] pada 23 Juli 1990.
Tahun 1991 Croatia Airlines menandatangani persetujuan dengan Adria Airways yang mengizinkan maskapai ini meminjam sebuah McDonnell Douglas MD-82 untuk mengadakan pelayanan jet domestik antara Zagreb dan Split. Karena adanya konflik militer di daerah tersebut dan penutupan wilayah udara di atas Kroasia, maskapai segera dipaksa menutup operasinya. Segera setelah penerbangannya dibuka kembali, Croatia Airlines membeli tiga Boeing 737 dari Lufthansa dan menjadi anggota dari International Air Transport Association (IATA). Tahun tersebut juga melihat pembukaan penerbangan internasional pertamanya menuju Frankfurt.
Tahun 1993, dua ATR 42 baru dan dua 737 yang lain bergabung dengan armada dan kantor perwakilan dibuka di beberapa kota di Eropa dan perusahaan menciptakanagen perjalanan bernama Obzor untuk mengorganisir paket perjalanan untuk kelompok dan perseorangan. Tahun 1994, Croatia Airlines menerima penumpang ke sejutanya. Kemudian pada tahun yang samaLater that year, Paus Paulus Johanes II menggunakan maskapai ini untuk melakukan perjalanan di Kroasia.
Tahun 1995, ATR 42 yang lain datang, bersamaan dengan penumpang ke dua juta. Tahun 1996, Croatia Airlines menjadi maskapai pertama yang terbang ke Sarajevo setelah Perang Bosnia. Tahun 1997 Airbus A320 pertama milik maskapai datang dan diberi nama Rijeka. Tahun 1998, pesawat pertama dari jenis lain datang ketika Airbus A319 pertama bergabung dengan armada. Pesawat ini diberi nama Zadar. PAda tahun yang sama, Croatia Airlines menjadi anggota dari Asosiasi Maskapai Penerbangan Eropa (AEA). Tahun 1999, dua lagi jet Airbus datang dan Croatia Airlines mulai menjual pesawat Boeing yang menjadi bagian dari armada sebelumnya. Maskapai menerbangkan penumpang kelimajutanya.
Tahun 2000 dua lagi pesawat Airbus datang dan sebuah sistem tiket otomatis diperkenalkan. Tahun 2001 maskapai tersebut menerima sertifikat perawatan dan performa teknik dari otoritas penerbangan JermanLuftfahrt-Bundesamt. Pada 18 November 2004, Croatia Airlines Bergabung dengan Star Alliance.
Pada Maret 2009, maskapai secara penuh mengakhiri tugas tiga pesawat jarak pendek ATR 42, setelah menggunakan pesawat tersebut tahun 1993, dan menggantikannya dengan armada sari enam pesawat Bombardier Q400, yang pertama dikirimkan pada mei 2008.
Maskapai ini membawa pennumpang ke-20 juta pada Juli 2009,[4] dan telah membawa lebih dari 1 juta penumpang tiap tahun dari tahun 2000.[5]
Pada Januari 2010, Usia rata-rata dari armada Croatia Airlines adalah 8.3 tahun.[8]
Airbus dan Croatia Airlines mengumumkan pada 22 Oktober 2008 pesanan untuk menambah empat pesawat 132-kursi A319, yang akan dikirimpkan mulai tahun 2012.[9]
