Uskup Henry Cosgrove dari Keuskupan Davenport mendirikan Paroki St. John pada tahun 1905.[3] Wilayahnya telah direbut Paroki Santo Ambrosius. Pada tanggal 7 Juni tahun itu, empat belas bidang tanah dibeli di University Avenue dengan harga sekitar $8.000 oleh Romo Daniel F. Mulvihil, pastor pertama paroki tersebut. Dua lot lagi dibeli seharga $1.375 pada tanggal 20 Juli.[4] Pembelian ini menandai dimulainya paroki St. John. Sekolah tersebut merupakan gedung pertama yang dibangun oleh paroki. Sebuah kapel di lantai dua melayani paroki sebagai gerejanya. Misa pertama dirayakan pada Hari Natal tahun 1905. Antara tahun 1907 dan 1918 sekolah tersebut mencakup program dasar dan menengah. Suster-Suster Cinta Kasih Santa Perawan Maria mengajar di sekolah tersebut. Program sekolah menengah dihentikan ketika sekolah menengah Katolik untuk anak laki-laki dan perempuan di seluruh kota dibuka. Pada tahun 1911 paroki tersebut menjadi bagian dari Keuskupan Des Moines yang baru didirikan. Sebuah batu bata ruang pastoran dibangun c. 1912 di sebelah barat sekolah. Paroki ini didirikan pada 16 Desember 1912.[1]
Pada bulan Agustus 1913 ruang bawah tanah gereja yang sekarang selesai dibangun dan paroki menggunakannya untuk gerejanya sampai gereja bagian atas selesai dibangun. Itu adalah bagian dari desain gereja baru oleh firma arsitektur Des Moines Proudfoot, Bird & Rawson.[1] Desain gereja lainnya tidak dibangun. Arsitek yang merancang gereja saat ini berasal dari Maginnis & Walsh dari Boston. Mereka juga bertanggung jawab atas Basilica of the National Shrine of the Immaculate Conception di Washington, D.C. Pastor paroki di St. John's, Romo Martin S. McNamara, juga berpengaruh dalam desain khususnya dalam menjadikannya berdasarkan desain Maginnis & Walsh untuk Gereja St. Catherine di Somerville, Massachusetts (c. 1915) serta Basilika Santo Paulus di Luar Tembok di Roma (dibangun kembali 1823).[1] McNamara sebelumnya bertanggung jawab atas desain dan konstruksi Gereja All Saints di Stuart, Iowa, Maginnis & lainnya Proyek Walsh.[3] Arsitek lokal yang dipilih untuk mengawasi proyek ini adalah John Normile. Charles W. Wietz' Sons adalah kontraktor yang membangun gedung gereja.
Batu penjuru untuk gereja saat ini diletakkan pada tanggal 19 September 1926. Jejak kaki gereja saat ini meluas beberapa meter melampaui jejak ruang bawah tanah tahun 1913. Awalnya, bagian luar gereja dirancang dari batu bata karena menurut Maginnis & Walsh batu kapur terlalu mahal, namun Pastor McNamara bersikeras bahwa dia dapat mengumpulkan dana yang diperlukan dan dia melakukannya.[1] Gereja tersebut dibangun dengan biaya $480.000.[4] Gereja yang telah selesai diresmikan oleh Uskup Thomas W. Drumm pada tanggal 4 Desember 1927. Dua uskup Katolik lainnya dan lebih dari seratus imam dari keuskupan Des Moines dan di tempat lain menghadiri peresmian. baldachin dan altar tinggi, dirancang oleh Maginnis & Walsh, ditambahkan pada tahun 1929. Bangunan ini juga dirancang untuk memiliki kapel berkapasitas 500 kursi yang dibangun di sebelah timur area altar, tetapi telah tidak pernah dibangun.
jendela kaca patri gereja yang pertama dipasang pada tahun 1947, dan sisanya dipasang pada tahun 1953. Para janda tersebut tertunda karena kendala keuangan terkait dengan Depresi Hebat dan Perang Dunia II.[1] Conrad Pickel Studio Waukesha, Wisconsin merancang 10 jendela nave gereja dan 36 jendela clerestory gereja. Gereja mengalami kerusakan air akibat kebakaran pada tanggal 18 Februari 1961 dan 6 Februari 1970, namun tidak menimbulkan kerusakan yang serius. Biara dibangun di seberang jalan di sebelah barat gereja.
Altar sementara yang berdiri sendiri didirikan bagi imam untuk menghadap umat pada tahun 1964. Misa vernakular pertama di Des Moines dirayakan di St. John's oleh Msgr. Edward Pfeffer, kanselir keuskupan.[5] Altar yang sekarang digunakan untuk liturgi ditahbiskan pada tanggal 5 Juni 1983. Pada tahun yang sama dilakukan penambahan dirancang oleh Higgins, Shirk & Colvig dari Des Moines ditambahkan di sisi timur gereja dan menghubungkannya ke pastoran. Ini mencerminkan desain asli basilika dan menyediakan pintu masuk bagi penyandang disabilitas ke dalam gereja. Conrad Pickel Studio juga mendesain jendela kaca patri untuk bagian timur.
Gereja ini terdaftar dalam Daftar Tempat Bersejarah Nasional pada tanggal 8 September 1987.[2]Paus Yohanes Paulus II mengangkat Gereja St. Yohanes menjadi Basilika Kecil pada tanggal 4 Oktober 1989.< ref name=Bunson>Bunson, Matthew (2010). 2010 Catholic Almanac. Huntington, Indiana: Pengunjung Minggu kami. hlm. 390.</ref> Uskup William H. Bullock memimpin pada liturgi peresmian tanggal 31 Desember 1989.[4]
^ abAvella, Steven M. Gereja Katolik di Iowa Barat Daya. Collegeville, Minnesota: Liturgical Press. hlm. 26–28. ISBN9780814644713.Parameter |tahun= yang tidak diketahui akan diabaikan (bantuan)