在1831年,德國古生物學家奧古斯特·戈德弗斯研究掘頜翼龍的第一個化石[1],他當時將這個缺乏尾巴的標本,歸類於翼手龍的新種,粗喙翼手龍(Pterodactylus crassirostris),種名在拉丁文意為「胖的口鼻部」[2]Physically it was very similar to Rhamphorhynchus, albeit with notable cranial differences.[2]。這個不完整標本發現於德國巴伐利亞州的索倫霍芬(Solnhofen)地層,是個成年個體,翼展約3呎。
在1858年,約翰·瓦格納(Johann A. Wagner)發現第二個標本後,發現尾巴的存在,因此發現這種動物的外形類似喙嘴翼龍類。第二個標本比較完整,但翼展只有約20吋,只有部分骨頭硬化,因此不是個成年個體[2]。粗喙翼手龍曾經多次改歸類於獨立屬,Pachyrhamphus、Brachytrachelus,但已有其他動物優先使用這些名稱。在1961年,約翰·瓦格納將其建立為新屬,模式種是粗喙掘頜翼龍(Scaphognathus crassirostris),屬名意為「船形的頜部」,意指牠們的鈍口鼻部。
^Goldfuss G. A. (1830). "Pterodactylus crassirostris". Isis von Oken, Jena pp. 552–553
^ 2.02.12.22.32.42.52.6"Scaphognathus." In: Cranfield, Ingrid (ed.). The Illustrated Directory of Dinosaurs and Other Prehistoric Creatures. London: Salamander Books, Ltd. Pp. 308-309.
^Weishampel, David B; et al. (2004). "Dinosaur distribution (Late Jurassic, Europe)." In: Weishampel, David B.; Dodson, Peter; and Osmólska, Halszka (eds.): The Dinosauria, 2nd, Berkeley: University of California Press. Pp. 545–549. ISBN 0-520-24209-2.
^Bennett, S. C. (2004). "New information on the pterosaur Scaphognathus crassirostris and the pterosaurian cervical series", Journal of Vertebrate Paleontology, 24(Supplement to #3):38A