日鳽目的親緣地位並不明確,牠們屬於具岡瓦那血統鳥類的兩個科。基於某些外形特徵,一開始牠們被分類在鷺科,後來改到鶴形目。依據2014年Jarvis, et al.提出的「用全基因組分析解決現代鳥類生命樹的早期分支」,日鳽目和鸏形目是遠親[2]。從鶴形目的角度來看,鷺鶴通常被認為和曾生存在紐西蘭現已滅絕的镐嘴秧鸡,以及生活在中南美的日鳽有親緣關係。最近的研究也指出,日鳽是鷺鶴現存的近親。舉例來說,費恩和厚德認為牠們肯定是姐妹群[3];福洛等人從細胞分類學(英语:Cytotaxonomy)的觀點指出,牠們有很緊密的系統發育關係[4];這些學者都建議,這兩群鳥分別在南美洲和新喀里多尼亞因岡瓦那大陸漂移而分開。在他們的研究裡,日鳽、鷺鶴和擬鶉科並未跟傳統的鶴形目分類在一起,而是歸在他們所提出的Metaves(英语:Metaves)這個演化支,包括了麝雉、鳩鴿科、夜鷹目、紅鶴、鸏形目、雨燕目、沙雞科和鸊鷉科。不過,運用他們的資料,並不能合適解決這個群的內部架構,甚至還包含了許多無法證實的分類(例如夜鷹科和紅鶴),也因此,Metaves的單系群和實用性並不清楚。值得一提的是,鷺鶴和日鳽,也許還包括Adzebill,似乎可以形成一個明顯的鳥類岡瓦那譜系:或許是一個目還是更多目,儘管牠們之間、擬鶉科,以及核心鶴目這些鳥群的親緣關係尚未獲得合理解決。無論如何,可以特別注意的地方是,日鳽和擬鶉科擁有絨羽,而核心鶴形目的鳥類並沒有。
^del Hoyo, J. Elliott, A. & Sargatal, J. (editors). (1996) Handbook of the Birds of the World. Volume 3: Hoatzin to Auks. Lynx Edicions. ISBN84-87334-20-2