Năm 1997, Liên đoàn bóng đá Việt Nam lập ra Giải bóng đá hạng Nhất Quốc gia, lúc đó là giải đấu cấp bậc cao nhất trong hệ thống giải đấu bóng đá tại Việt Nam. Đội vô địch đầu tiên là Cảng Sài Gòn vào năm 1997, tiếp theo là Thể Công năm 1998. Tuy nhiên, nhà vô địch năm 1999 Sông Lam Nghệ An không được công nhận vì năm đó chỉ có Giải tập huấn, mang tính chất giao hữu chứ không phải giải đấu chuyên nghiệp.
Mùa giải 1999–00, Sông Lam Nghệ An bước lên ngôi vô địch. Đây là mùa giải cuối cùng của Giải bóng đá hạng Nhất Quốc gia Việt Nam với tư cách là giải đấu cao nhất ở Việt Nam. Mùa giải 2000–01 là mùa giải đầu tiên sau khi giải được tách ra thành hai giải đấu riêng biệt, khi đó Giải Vô địch Quốc gia chuyên nghiệp được công nhận là giải đấu cấp cao nhất còn Giải bóng đá hạng Nhất Quốc gia Việt Nam chỉ là cấp bậc thứ hai.
Thể thức thi đấu
Mùa giải 2000 đến 2019: các đội thi đấu vòng tròn hai lượt tính điểm. Đội vô địch chuyển lên thi đấu tại V.League 1. Các đội cuối bảng (1 hoặc 2 đội tuỳ năm) phải xuống chơi tại Giải Hạng nhì quốc gia.[5][6][7] Thể thức này được sử dụng lại ở mùa giải 2022 và 2023, mùa giải cuối cùng tổ chức thi đấu trong 1 năm dương lịch.
Mùa giải 2020, sau khi đấu vòng tròn 1 lượt xong, 6 đội xếp trên sẽ đá vòng tròn 1 lượt để tìm ra nhà vô địch, 6 đội còn lại sẽ đá vòng tròn 1 lượt để tìm ra 1 suất xuống hạng.
Mùa giải 2021 (mùa giải bị hủy vì dịch COVID-19), sau khi đấu vòng tròn 1 lượt xong, 6 đội xếp trên sẽ đá vòng tròn một lượt để tìm ra nhà vô địch; đội Á quân sẽ thi đấu play-off với đội đứng thứ 13 V.League 1 để xác định đội còn lại chơi tại V.League năm sau, 7 đội còn lại đá vòng tròn 1 lượt để tìm ra 1 suất xuống hạng.
Từ mùa giải 2023–24, các đội thi đấu vòng tròn 2 lượt trong 2 năm, từ mùa thu năm trước sang mùa hè năm sau.
Cách thức xếp hạng
Xếp hạng chung cuộc theo thứ tự sau:
Điểm số các đội (theo thứ tự từ cao đến thấp)
Nếu có 2 hoặc nhiều đội bằng điểm nhau thì xếp theo thứ tự qua các chỉ số phụ:
Kết quả đối đầu trực tiếp
Hiệu số bàn thắng bàn thua
Tổng số bàn thắng
Đăng ký cầu thủ
Từ mùa giải 2000–01 đến 2014, các đội được phép sử dụng đăng ký cầu thủ nước ngoài thi đấu. Kể từ mùa giải 2015, quy định này bị bãi bỏ, các câu lạc bộ chỉ được sử dụng cầu thủ nhập tịch và cầu thủ gốc Việt. Sau 10 năm không sử dụng cầu thủ ngoại, bắt đầu mùa 2025/26, mỗi đội bóng đăng kí 1 cầu thủ ngoại vào sân.