Giải vô địch bóng đá hạng nhất 2006 (Cúp Alphanam/Fuji) vì lý do tài trợ, là mùa giải thứ 9 của Giải bóng đá hạng nhất quốc gia Việt Nam kể từ khi thành lập năm 1997. Mùa giải này, có 14 đội bóng tham dự: Quảng Nam, Đồng Nai, Sơn Đồng Tâm Long An, Tây Ninh, Tiền Giang, Quân khu 4, Halida Thanh Hóa, Xổ số kiến thiết Lâm Đồng, Quân khu 5, Halida Thanh Hóa, Đá Mỹ Nghệ Sài Gòn, Thành phố Hồ Chí Minh, An Giang và Huda Huế. Với sự góp mặt của 14 đội bóng trên khắp cả nước tranh tài để xác định 2 suất thăng hạng lên chơi tại Giải bóng đá vô địch quốc gia và 2 suất phải xuống chơi tại Giải bóng đá hạng Nhì Quốc gia, đội bóng xếp thứ 3 phải đá trận play-off diễn ra từ 14 tháng 1 đến 19 tháng 82006.[1]
Cập nhật đến (các) trận đấu được diễn ra vào 19 tháng 8 năm 2006. Nguồn: RSSSF Quy tắc xếp hạng: 1) Điểm; 2) Kết quả đối đầu; 3) Hiệu số bàn thắng thua; 4) Số bàn thắng; 5) Điểm kỷ luật (thẻ vàng = -1 điểm, thẻ đỏ gián tiếp = -3 điểm, thẻ đỏ trực tiếp = -3 điểm, thẻ vàng và thẻ đỏ trực tiếp = -4 điểm); 6) Play-off (nếu tranh huy chương hoặc xuống hạng); 7) Bốc thăm. (C) Vô địch; (P) Thăng hạng; (R) Xuống hạng
Xuống hạng nhì: Thành phố Hồ Chí Minh (đây là đội bóng đá lấy nòng cốt là câu lạc bộ Thành Long và mang tên Câu lạc bộ Thành phố Hồ Chí Minh, cần phải ghi chú rõ ràng tránh nhầm lẫn với tên sau này của câu lạc bộ Cảng Sài Gòn, cũng đổi tên như trên) và Lâm Đồng
