Човен належав до транспортного типу Ha-101, виникнення якого пов'язане зі складною логістичною ситуацією та необхідністю постачання численних заблокованих гарнізонів. При цьому одразу після спорудження На-109 переобладнали в судно забезпечення диверсійних мінісубмарин, яке могло перевозити десять торпед.
До завершення війни човен так і не встиг здійснити жодного походу, а з настанням капітуляції Японії потрапив під контроль союзників. У листопаді 1945-го човен дістав наказ перейти до Сасебо (західне узбережжя Кюсю), де 1 квітня 1946-го його затопили у Східнокитайському морі.[1]
.svg){kind=small}
