SARS-CoV-2 — вірус, що спричинює коронавірусну хворобу 2019 (COVID-19), має кілька примітних варіантів, які вважаються особливо важливими. Вважається, що генетична послідовність WIV04/2019 є початковим варіантом вірусу, що інфікує людей, відомою як «нульова генетична послідовність».[1]
Клади
Хоча існує багато тисяч варіантів SARS-CoV-2[2], виділяють великі групи, що називаються кладами. Запропоновано кілька різних номенклатурних клад для SARS-CoV-2.
Станом на грудень 2020, глобальною науковою ініціативою GISAID[en] ідентифіковано сім клад SARS-COV-2 як hCoV-19[3], таких як (O, S, L, V, G, GH та GR).[4]
Також станом на грудень 2020 Nextstrain[en] визначено п'ять клад (19A, 19B, 20A, 20B та 20C).[5]
Біологом Ендрю Рамбо та його колегами запропоновано термін «родовід» (lineage) у статті 2020 року в журналі Nature Microbiology[en];[7] станом на грудень 2020 було виявлено п'ять основних родоводів (A, B, B.1, B.1.1, and B.1.177).[8]
Варіант 501.V2, також відомий як 501.V2, 20C/501Y.V2 або родовід B.1.351,[11] був вперше виявлений у Південно-Африканській Республіці та повідомлений Департаментом охорони здоров’я країни 18 грудня 2020 року.[12] Дослідники та чиновники повідомили, що поширеність варіанту була вищою серед молодих людей, які не страждають на хронічні захворювання, і в порівнянні з іншими варіантами він частіше призводить до складного перебігу хвороби.[13][14] Департамент охорони здоров'я Південно-Африканської Республіки також зазначив, що цей варіант може спричинити другу хвилю пандемії COVID-19 в країні через поширення швидшими темпами, ніж інші попередні варіанти вірусу.[12][13]
Вчені відзначили, що варіант містить кілька мутацій, які дозволяють йому легше приєднуватися до клітин людини через наступні три мутації в рецептор-зв'язуючому домені (RBD) у шипованому глікопротеїні вірусу: N501Y,[12][15] K417N та E484K.[16][17] Мутація N501Y була виявлена також у Великій Британії.[12][18]
Всесвітня організація охорони здоров'я (ВООЗ) заявила, що кластер 5 має «помірно знижену чутливість до нейтралізуючих антитіл».[27] Данський Державний інститут сироватки крові попередив, що мутація може зменшити ефект розроблених вакцин проти COVID-19, хоча навряд чи це зробить їх марними. Після локдауну та масових тестувань 19 листопада 2020 року Державний інститут сироватки крові оголосив, що кластер 5, найімовірніше, вимер.[28]
B.1.207
Секвенування Африканським центром передового досвіду з геноміки інфекційних хвороб у Нігерії виявило варіант із мутацією P681H, подібний до VOC-202012/01. Вперше виявлено у серпні,[29] наслідки передачі та вірулентності незрозумілі, але Центри з контролю та профілактики захворювань у США визначили його як новий варіант.[30] Він не має жодних інших мутацій подібних до VOC-202012/01, і станом на кінець грудня 2020 року на цей варіант припадає близько 1 % вірусних геномів, секвенсованих у Нігерії, хоча це значення може зрости.[29] Сайт мутації сильно варіюється у коронавірусів.[30]
D614G
D614G — варіант, який впливає на шипований білок SARS-CoV-2. Варіант G (гліцин у положенні 614) став частіше зустрічатися під час пандемії, ймовірно, після того, як спочатку виник у Китаї, а потім поширився в Італію в січні та звідти по всьому світу. G замінив D (аспарагінову кислоту) у багатьох країнах, особливо в Європі, хоча повільніше в Китаї та решті Східної Азії, підтримуючи гіпотезу про те, що G збільшує швидкість передачі, що узгоджується з вищою концентрацією вірусу та зараженістю in vitro.[1]
У липні 2020 року було повідомлено, що більш інфекційний варіант D614G SARS-CoV-2 став домінантною формою під час пандемії.[31][32][33]
Глобальна поширеність D614G корелює з поширеністю втрати нюху (аносмія) як симптому COVID-19, можливо, опосередкованого вищим зв'язуванням варіанту G з рецептором АСЕ2 або вищою стабільністю білка, а отже, і більшою інфекційністю нюхового епітелію.[34]
Віруси, що містять варіант G, вважаються частиною клади G за визначенням GISAID та клади B1 за визначенням інструментарію Філогенетичного присвоєння іменованих глобальних спалахів (PANGOLIN).[1][35]
На червень 2021 року «Дельта» класифікований CDC як варіант, який «представляє інтерес», тобто має генетичні маркери, пов'язані зі зниженням нейтралізації антитілами, створеними в результаті перенесеного захворювання або внаслідок вакцинації, зменшенням ефективності лікування, труднощами специфічної діагностики, збільшенням заразності та тяжкості хвороби. Він виник наприкінці минулого року в Індії, загалом зареєстрований вже у 60 країнах. Абсолютно очевидно, що його заразність вище, щонайменше ніж у Альфа — варіанту дикого типу, і пік захворюваності реєструється у молодих людей 12-20 років.
Цей штам є набагато заразнішим за інші штами коронавірусу, а також має вищий показник смертності. В середньому фіксується у 2,6 рази більше важких варіантів перебігу хвороби, при цьому він більше вражає дітей, ніж попередні варіанти вірусу[36].
Лямбда (лінія C.37)
У серпні 2020 року лінія C.37 вперше була знайдена в Перу[37]. В червні 2021 року в Перу на штам «лямбда» приходилось 81 % всіх зареєстрованих в країні випадків інфікування. В Аргентині та Чилі доля «лямбди» становить близько третини[38].
↑Доктор Цвеліні Мхізе (18 грудня 2020). Update on Covid-19 (18th December 2020) (Пресреліз). South Africa. COVID-19 South African Online Portal. Процитовано 23 грудня 2020. Our clinicians have also warned us that things have changed and that younger, previously healthy people are now becoming very sick.
↑Дерек Лоу (22 грудня 2020). The New Mutations. In The Pipeline. Американська асоціація сприяння розвитку науки. Архів оригіналу за 29 січня 2021. Процитовано 23 грудня 2020. I should note here that there’s another strain in South Africa that is bringing on similar concerns. This one has eight mutations in the Spike protein, with three of them (K417N, E484K and N501Y) that may have some functional role.
