Карел Гегер народився 17 червня1909 року в містечку Брно-Кралово Поле, на той час на території Австро-Угорщини (нині Чехія). Був тринадцятою дитиною в багатодітній родині робітника цегляного заводу. Разом з братами і сестрами грав у сімейному ляльковому театрі.
У 1928 році Гегер поступив на навчання в педагогічний інститут і надалі викладав в Ломніце і Тишнові. Вивчав драматичне мистецтво в консерваторії мистецтва Брно після чого був актором місцевого драматичного театру. З 1940 року — актор Празького Національного театру.
У 1938 році Карел Гегер дебютував як кіноактор у фільмі «На сто відсотків». Першу велику роль композитора Завіша зіграв в дуеті з Лідою Бааровою у стрічці «У тихі ночі» (1941). У перші роки в кіно виступав переважно в ролях «молодих героїв».
За час свої кінокар'єри Карел Гегер знявся у понад 100 кінофільмах. Серед найкращих його ролей — інженер Прокоп в гостросюжетному фільмі-антиутопії «Кракатит» (1948, режисер Отакар Вавра, за однойменним романомКарела Чапека), художник Аллеш у біографічній стрічці «Міколаш Алеш» (1951), король Вацлав IV у трилогії про Яна Гуса режисера Отакара Ваври — «Ян Гус» (1955), «Ян Жижка» (1956) і «Проти усіх» (1958); композитор Бедржих Сметана у фільмі «З мого життя» (1955), капітан Тума в серії детективів режисера Владимира Чеха — «105 відсотків алібі» (1959), «Де одного алібі замало» (1961), «Алібі на воді» (1965); архієпископАрношт в комедії «Ніч на Карлштейне» (1973).
Карел Гегер володів м'яким, красивого тембру голосом; активно працював на радіо і телебаченні.
Помер Карел Гегер під час зйомок серіалу «Лікарня на околиці міста» 4 травня1977 року. 14 грудня 1995 року одна з вулиць Брно-Кралово Поля була названа на честь актора[11].