З 2006 року захищає кольори найбільш титулованого клубу Гондурасу — «Олімпії», у складі цієї команди декілька разів ставав чемпіоном країни.
Влітку 2009 року з'явилася інформація про можливий перехід Джонні до представника англійської Прем'єр-ліги клубу «Віган Атлетік», в якому попередній сезон відіграв його старший брат Вілсон. Тоді трансфер не відбувся через відсутність дозволу на прецевлаштування у Великій Британії. Пізніше того ж року, після залучення Джонні до лав своєї національної збірної, очікувалося, що гравець все ж перейде до «Вігана» на початку 2010, однак й цього разу перехід не відбувся[2].
Виступи Джонні під час континентальної першості справили добре враження на головного тренера гондурасців Рейнальдо Руеду і гравець був включений до заявки збірної для участі у фінальній частині чемпіонату світу 2010 року. До цієї заявки також потрапив його брат Вілсон, пізніше гондурасці дозаявили ще одного з братів Паласіосів — Джеррі. Таким чином збірна Гондурасу увійшла в історію як перша збірна на чемпіонатах світу, до складу якої входило три рідних брати[3].
Безпосередньо під час матчів чемпіонату світу 2010 року Джонні Паласіос на полі жодного разу не з'являвся.