У дорослому футболі дебютував 2002 року виступами за команду клубу «Реал Еспанья», в якій він виступав з 2002 по 2006 роки, після чого залишив клуб та перейшов до складу «Олімпії».
Олімпія
Після 5 років, проведених в клубі «Реал Еспанья», Мендоса перейшов до «Олімпії», в складі якої провів наступні чотири роки своєї кар'єри (до 2009 року).
Мотагуа
2009 року уклав контракт з клубом «Мотагуа», у складі якого виступав з 2009 по 2012 роки та провів 77 матчів (2 голи). У складі «Мотагуа» став переможцем Клаусури 2011 Національної футбольної ліги Гондураса. В 2012 році залишив клуб та переїхав до Гватемали.
Універсидад де Сан-Карлос
У 2012 році, після завершення контракту з «Мотагуа», підписав 1-річну угоду з гватемальським клубом «Універсидад де Сан-Карлос», який тренував гондураський тренер Гілберто Єрвуд. У клубі він виступав разом з іншим гондураським футболістом, Мілтон Нуньєс. В 2013 році, по завершенню контракту з «Універсидад де Сан-Карлос», залишив команду, щоб повернутися до клубу «Реал Еспанья».
Дискваліфікація через вживання допінгу та повернення
У січні 2009 року був дискваліфікований на рік через вживання забороненої речовини[1]. Після завершення дискваліфікації «Олімпія» звинуватила гравця у невиконанні умов контракту, саме через дискваліфікацію[2].
Повернення до «Реал Еспанья»
З 2013 року знову, цього разу два сезони захищав кольори команди клубу «Реал Еспанья». Більшість часу, проведеного у складі «Реал Еспаньї», був основним гравцем захисту команди.
До складу клубу «Хутікальпа» приєднався 2015 року.