Село з'явилось на початку XV століття. Вперше зустрічається в офіційних джерелах 1448 року під назвою «Issakowcze».
Церква святого Михаїла відома з першої половини XVIII століття — дерев'яна, обмазана глиною, з низьким глухим куполом. В 1768 році пограбована турецькими військами, парафія була скасована до 1827 року.[1]
Внаслідок поразки Перших визвольних змагань на початку XX століття, село надовго окуповане російсько-більшовицькими загарбниками. У селі проходив кордон до 1939 року по річці Збруч, так з 1 листопада 1926 по 1 листопада 1927 польські прикордонники затримали 9509 перебіжчиків із радянської сторони, люди тікали від радянських репресій, у зворотному напрямку, за той же період 745 осіб,
В 1932–1933 селяни села пережили сталінський геноцид. Коли почався голод, усе більше людей намагалося втекти на правий берег річки Збруч. А там місцеві священники закликали селян збирати продукти для голодуючих з лівого берега.
4 квітня 1944 року радянські полки 101-го стрілецького корпусу вибили з Ісаківців німецькі війська. По закінченню Другої світової війни у 1946—1947 роках мешканці села вчергове пережили голод.
З 24 серпня1991 року село входить до складу незалежної України.
14 жовтня 2015 року на території Дністровсько-Подільської січі в селі Ісаківці відбулися святкування українського козацтва.
Поряд зі селом через річку Збруч в Тернопільській області у 2002 році відновлено пам'ятний знак «Півень, що на три держави піяв». До 1914 року по Збруч пролягав кордон між Російською імперією й Австро-Угорщиною. Від 1921 року по річці Збруч пролягав кордон між СРСР і Польщею, а по річці Дністер — з Румунією. Сьогодні тут проходить межа між трьома областями: Тернопільською, Хмельницькою і Чернівецькою.
В Ісаківцях від жовтня 1925 року до березня 1930 року начальником застави 23-го Кам'янець-Подільського прикордонного загону Українського військового округу служив Віктор Бочков (1900—1981) — майбутній Прокурор Союзу РСР (у 1940—1943 роках). Тут минало дитинство його сина Бориса Бочкова (1924—1991) — майбутнього генерал-полковника авіації.
Влітку 1928 року в Ісаківцях побував український письменник Борис Антоненко-Давидович. Свої враження він передав у нарисі «Де когут піє на три держави», який увійшов до збірки «Землею українською» (1930).
1 вересня 1977 року український письменник Олесь Гончар разом із дружиною Валентиною Данилівнюю відвідав Ісаківці. Письменник занотував у щоденнику: «Потім були там, де Збруч впадає в Дністер, де півень співав на три держави».
Охорона природи
Село лежить у межах національного природного парку «Подільські Товтри».