Впервые храм упомянут в письменных источниках под этим именем в 1612 году, в связи с событиями Московской битвы между русскими ополченцами и польским-литовским войском гетмана Ходкевича. 24 августа 1612 года у «острожка (Климентьевский острог), что был у Климента Папы Римского» развернулись тяжёлые бои между казаками, оборонявшими острог, и пехотой гетмана Ходкевича. Во время этих боев, когда войска гетмана захватили острог и церковь Святого Климента, Авраамий (Палицын) совершил один из своих подвигов, остановив отступление казаков из острога. Как писал святитель Авраамий, «казаки, убо которые от Климента святаго из острожка выбегли, и озревшися на острог святаго Климента, видеша на церкви литовские знамёна… зело умилишася и воздохнувше и прослезившеся к Богу, — мало бе их числом, — и тако возвращеся и устремишася единодушно ко острогу приступили, и вземше его»[2].
Вид на церковь Святого Климента из Кремля. Конец 1850-х годов
Храм был перестроен и освящён в 1720 году, затем в 1756—1758 годах к нему добавили трапезную и колокольню. В 1762 году прихожане получили разрешение на слом главного объёма старого храма, и к 1769 году на средства купца Кузьмы Матвеева был завершён пятиглавый барочный храм, дошедший до наших дней. Авторство постройки не установлено; предположительно, его выстроил Иван Яковлев по проекту Пьетро Антонио Трезини[3] (согласно другому предположению — по проекту Алексея Евлашева[4][5]). В рукописном «Сказании о церкви Климента папы Римского в Замоскворечье» (обнаружено в середине XIX века в Верхнеуральске) утверждается, что 70 тысяч рублей на строительство ассигновал генерал-фельдмаршал Алексей Бестужев, чья усадьба стояла в околотке[6].
В книге воспоминаний поэт Аполлон Григорьев восхищался, как господствовал храм в панораме Замоскворечья времён его детства:
Но не церковь Пятницы-Прасковеи поражает и останавливает ваш взгляд с кремлёвской вершины, когда вы, отклоняя постепенно глаза от юго-востока, ведёте их по направлению к югу, а пятиглавая, великолепная церковь Климента папы римского. Перед ней вы остановитесь и идя по Пятницкой: она поразит вас строгостью и величавостью своего стиля, своею даже гармониею частей… Но особенно выдаётся она из бесчисленного множества различных узорочных церквей и колоколен, тоже оригинальных и необычайно живописных издали, которыми в особенности отличается юго-восточная часть Замоскворечья…[7]
Церковь закрыта в 1934—1935 годах после неоднократных, всё возраставших обложений её налогами со стороны финансовых органов, что привело в конце концов к аресту священников[8]; отдана под книгохранилище обменно-резервного фонда библиотеки имени Ленина[9], в связи с этим иконостас и частично внутреннее убранство не были окончательно уничтожены[8]. Архитектурные обмеры храма произвёл в 1932 году архитектор Семён Кулагин.
В 1986—1987 годах 30 тысяч томов церковной литературы, хранившейся в церкви Климента, и в том числе из библиотеки Оптиной пустыни, были переданы Московской духовной академии. В 1988 году около 400 книг и примерно столько же брошюр возвращено в саму пустынь[10].
В 2008 году здание храма, сохранившее свой облик, а также в некоторой степени интерьер, было передано православной общине, а книги вывезены. В течение нескольких лет богослужения совершались только в северном приделе.
Храм в XXI веке
При финансовой поддержке правительства Москвы проведена реставрация, которая была завершена в 2014 году[11].
↑Бибиков Г. Н. Бои русского народного ополчения с польскими интервентами 22—24 августа 1612 г. под Москвой // Исторические записки. — 1950. — Т. 32. — С. 188.
↑Памятники архитектуры Москвы. Замоскворечье. — М.: Искусство, 1994. — ISBN 5-210-02548-9. — С. 252—255.
↑ 12Сорок сороков : краткая иллюстрированная история всех московских храмов : [в 4 т.] / собр. П. Паламарчук. — М.: Книга и бизнес, 1994. — Т. 2: Москва в границах Садового кольца: Китай-город, Белый город, Земляной город, Замоскворечье. — С. 521—526. — 645, [1] с. — (Истоки). — ISBN 5-212-00500-0.