На шведской «Генеральной карте провинции Ингерманландии» 1704 года — как деревня Sestavatskoi bÿ и мызаSestavatskoi hof[6].
Как деревня Сеставотчина она обозначена на «Географическом чертеже Ижорской земли» Адриана Шонбека 1705 года[7].
На карте Санкт-Петербургской губернии Ф. Ф. Шуберта 1834 года обозначена деревня Систа, состоящая из 66 крестьянских дворов[8].
СИСТА — деревня принадлежит генерал-майору Албрехту, число жителей по ревизии: 170 м. п., 174 ж. п.[9] (1838 год)
Деревня Систа из 66 дворов отмечена на карте профессора С. С. Куторги 1852 года[10].
СИСТА — деревня наследников штабс-ротмистра Албрехта, 10 вёрст по почтовой дороге, а остальное по просёлкам, число дворов — 54, число душ — 149 м. п.[11] (1856 год)
СИСТА — деревня, число жителей по X-ой ревизии 1857 года: 134 м. п., 172 ж. п., всего 306 чел.[12]
План деревни Систа. 1860 год
Согласно «Топографической карте частей Санкт-Петербургской и Выборгской губерний» в 1860 году деревня называлась Большая Систа, при ней на реке Систе находилась мыза Барона Рали и водяная мельница[13].
СИСТА — деревня владельческая при реке Систе, число дворов — 35, число жителей: 135 м. п., 175 ж. п.[14] (1862 год)
СИСТА — деревня, по земской переписи 1882 года: семей — 62, в них 162 м. п., 192 ж. п., всего 354 чел.[12]
СИСТА (СИСТОВОДСКА) — деревня бывшая владельческая, дворов — 60, жителей — 327. Часовня, лавка[15]. (1885 год)
Согласно материалам по статистике народного хозяйства Ямбургского уезда 1887 года, имение при селении Систа принадлежало мещанину из остзейских уроженцев К. Ф. Этти, в имении была своя мельница[16].
По земской переписи 1899 года:
СИСТА — деревня, число хозяйств — 59, число жителей: 142 м. п., 153 ж. п., всего 295 чел.; разряд крестьян: бывшие владельческие; народность: русская — 279 чел., эстонская — 12 чел., смешанная — 4 чел.[12]
В конце XIX — начале XX века деревня административно относилась к Ратчинской волости 2-го стана Ямбургского уезда Санкт-Петербургской губернии.
По данным «Памятной книжки Санкт-Петербургской губернии» за 1905 год участок деревни Систы площадью 5 десятин принадлежал жене коллежского регистратора Юлии Карловне Коттер[17].
С 1917 года деревня называлась Большая Систа и входила в состав Систского сельсовета Ратчинской волости Кингисеппского уезда.
С 1923 года в составе Котельской волости.
С 1924 года в составе Унатицкого сельсовета.
Согласно данным переписи населения СССР 1926 года в деревне Систа Перелесского сельсовета проживали 254 человека — большинство русские, а также финны и эстонцы[18].
С января 1927 года деревня называлась Систа. С августа 1927 года в составе Котельского района.
С 1928 года в составе Велькотского сельсовета. В 1928 году население деревни Систа составляло 257 человек[19].
План деревни Систа. 1930 год
Согласно топографической карте 1930 года деревня называлась Большая Систа и насчитывала 74 двора. В центре деревни находились часовня и ветряная мельница. На реке Систа находилась водяная мельница.
С 1931 года в составе Ратчинского сельсовета Кингисеппского района[19].
По данным 1933 года деревня называлась Систо и входила в состав Ратчинского сельсовета Кингисеппского района[20].
C 1 августа 1941 года по 31 января 1944 года деревня находилась в оккупации.
С 1954 года в составе Удосоловского сельсовета.
В 1958 году население деревни Систа составляло 219 человек.
С 1959 года в составе Кайболовского сельсовета[19].
По данным 1966, 1973 и 1990 годов деревня Систа также находилась в составе Кайболовского сельсовета Кингисеппского района[21][22][23].
В 1997 году в деревне Систа проживали 34 человека, деревня входила в состав Кайболовской волости с административным центром в деревне Домашово, в 2002 году — 44 человека (русские — 98 %), в 2007 году — 23 человека[24][25][26].